basevar：一个python软件，用于从超低通wgs数据调用变量。
basevar的Python项目详细描述
从超低通wgs数据调用变量。
安装
pip install basevar
快速启动
从多个bamfiles调用变量
basevar basetype -R reference.fasta \ --regions chr11:5246595-5248428,chr17:41197764-41276135 \ --batch-count 50\ -I 00alzqq6jw.bam \ -I 09t3r9n2rg.bam \ -I 0fkpl1p55b.bam \ -I 13dg1gvsfk.bam \ -I 17phildszl.bam \ -I 1dbpgqt0dq.bam \ -I 1kyws27hoc.bam \ --output-vcf test.vcf.gz \ --output-cvg test.cvg.tsv.gz \ --nCPU 4&&echo"** 5 done **"
或从bamlist调用变量
basevar basetype -R reference.fasta \ --regions chr11:5246595-5248428,chr17:41197764-41276135 \ --batch-count 50\ -L bamfile.list \ --output-vcf test.vcf.gz \ --output-cvg test.cvg.tsv.gz \ --nCPU 4&&echo"** 5 done **"
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