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babachi的Python项目详细描述
巴巴奇:背景等位基因剂量贝叶斯检查点识别 [![DOI](https://zenodo.org/badge/255952669.svg)](https://zenodo.org/badge/latestdoi/255952669)<;br>; BABACHI是一个用于背景等位基因剂量(BAD)基因区域调用的工具 非阶段性杂合子SNV。它的目的是在低覆盖测序数据上估计BAD,其中 精确估计等位基因拷贝数是不可能的。在
错误对应于主副本号与次要副本号的比率。在
BABACHI接受了一个类似vcf的.tsv文件,其中杂合子SNV按基因组位置排序(升序)。 输入文件必须包含以下前7列: 染色体,位置,ID,参考基,替代基,参考读计数,替代读计数 所有以#开头的行都将被忽略。在
输出是带有错误注释的.bed文件。在
##安装
` pip3 install babachi `
##要求 ` python >= 3.6 `
使用 ` babachi <options>... ` 要获取完整的使用说明,可以执行以下操作: ` babachi --help `
快速入门 要执行测试运行: ` babachi --test `
巴巴奇工具由谢尔盖·阿布拉莫夫和亚历山大·博伊佐夫负责维护。在
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