拓扑结构和化学结构的生成器。
AuToGraFS的Python项目详细描述
autorafs
==
原始出版物：`"框架结构的自动拓扑生成器"`.
_这里是：http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/jp507643v
虫子捕猎正在进行中，还有一些旧的功能尚未重新实现。
todo:
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medium priority:
-提供各向同性缩放选项
-对称轴检测对于平面形状有问题
-更强大的mmanalysis模块
low优先级：
-单元测试覆盖率不存在
-文档编写
-更好地处理数据库：
+预计算SBU拓扑对应性
+使用比pickle更好的格式
highlight：：bash
$pip install--user--upgrade autorafs
对于手动安装，首先安装依赖项，
1。python>；=3.4
2.ase，scipy，numpy<；1.15.0
然后克隆此存储库并将其添加到pythonpath:：
$export pythonpath=$home/autorafs:$pythonpath`
示例：
--
行：
…突出显示：：python
>；>from autorafs import autorafs
>；>mofgen=autorafs（）
>；>mof=mofgen.make（topology\u name="pcu"，
>；>sbu name=["zn\u mof5\u八面体"，"苯系线性"]
>；>mof.write（）
在实例化期间通过传递路径可以访问数据库
>；>；mofgen=autorafs（topology_path="my_topo_path"，sbu path="my_sbu_path"）
>；>；mof=mofgen.set_topology（topology_name=custom_topology_name，sbu name=custom_sbu names）
sbu和拓扑，最好直接设置拓扑
（这里，my_拓扑和my_sbu_名称是适当的虚拟集合）
>；>；对于my_拓扑中的拓扑名称：
>；>；mofgen.set_拓扑（拓扑名称=拓扑名称）
>；>；对于我的SBU名称中的SBU名称：
>；>mof=mofgen.make（SBU名称=SBU名称）
mof=mofgen.make（拓扑学名称="pcu"，
>；>sbu名称=["zn_mof5_八面体"，（"苯_线性"，2.0），（"乙炔线性"，0.5））
>；>gt；mof.write（）
这对于与初始超级单元结合使用以在统计上引入缺陷特别有用。
>；>mof=mofgen.make（拓扑学"pcu"、
>；>sbu名称=[（zn"mof5"八面体，2.0）、（"缺陷"八面体"，0.5），"苯-线性"]，
>；>supercell=（3,3,3））
>；
supercell也可以在对齐后生成，携带之前完成的所有操作。
>；>supercell\u 6x6x6=mof.get_supercell（m=2）
>；>超级电池6x6x6.write（）
可随时直接引入缺陷和修改：
>；
>；直接获取站点
>；>sbu=mof[7]
>；
>；；将所有氢更改为氟
>；>atoms=sbu.atoms.copy（）
>；>symbols=原子。获取"化学"symbols（）
>；>>symbols=[s if s！="h"else"f"表示符号中的s]
>>>原子。设置"化学"符号（符号）
>；>通过设置原子回来，
>；>更新mm类型和键合。
>；>sbu。设置"原子（原子=原子，分析=真）
>；>删除另一个sbu。h将限制悬挂位。
>；>del mof[8]
>；>mof.write（）
旋转、功能化和翻转方法也可用。
>；
它
>；>mof.flip（index=8）
>；>mof.functionaize（where=site，fg=nh2）
>；>mof.write（）
mmtypes=mof.get_mmtypes（）
>；>；bonds=mof.get_mbtypes（）
>；>；>；没有虚拟对象
>；>；原子、键、mmtypes=mof.get_matoms（虚拟对象=false）
>；>；视图（原子）
直接将字典映射
sbu传递到特定插槽。
>>；>；>；用于调查拓扑形状和插槽的方法
>；>；topology=mofgen.get\u topology（topology\u name="pcu"）
>；>；sbu dict={}
>；>；对于插槽索引，topology.shapes.items（）中的插槽形状：
>；>；做些事情来选择sbu
>；…
>；>；sbu dict[插槽索引]="所选的sbu名称"
>；>；>；现在直接传递它
>；>；mof=mofgen.make（topology="pcu"，sbu dict=sbu dict）
>；>；mof.write（）
sbu_list=mofgen.list_available_sbu（topology_name="pcu"）
>；>；topology_list=mofgen.list_available_topologies（sbu_names=["zn_mof5_octahedral"，"benzen_linear"]）
aautografs还知道拓扑等价的位置，并且可以生成多组件框架
只需最少的工作。
>；>sbu dicts=mofgen.list\u available\u frameworks（）
>；>sbu dicts中的sbu dict:
>；
是原子类型r，它将键顺序和uff原子类型分配给结构：
>>>；来自autorafs.mmanalysis import analyze-mm
>>>；bonds，types=analyze-mm（sbu=mofgen.sbu["zn-mof5-octahedral"]）
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