自动图形可视化软件包
auto-graph-visualizer的Python项目详细描述
的自动图形可视化包 `细胞景观<;https://cytoscape.org/>;`__.
更多详细信息
自动图形可视化技术(AGVIZ)是细胞景观工程之一。 AGVIZ将细胞景观的一些可视化信息附加到 网络结构信息(CX format)。在
系统要求
要使用AGVIZ,您需要以下内容:
- Ubuntu(推荐>;=18.04)或macOS(推荐>;=10.14)
- Windows不受支持
- Python 3.x版
安装
下载或克隆此存储库
$ git clone https://github.com/idekerlab/auto-graph-visualizer
在下载(克隆)目录中,使用设置.py在
^{pr2}$安装
时的已知问题可能是python-igraph安装有错误 取决于某些环境。在这种情况下,请尝试以下方法 先安装后安装。在
$ apt install build-essential python3-dev libxml2 libxml2-dev zlib1g-dev
用法
$ cat your_file | agviz
选项:
在-n:输出图形名称(.cx)。(默认值:'测试输出')
在-p:输出目录路径。(默认值:“./”)
在-a:社区检测算法。(默认值:'贪婪')
在-cp:基本调色板。(默认值:“hls”)
- hls公司
- 重音
- 集合1
- 轴承
- hsv公司
- gnuplot公司
-ns:节点大小的标准。(默认值:“中间性”)
- 亲密度
- 学位
- 页面排名
- 中间性
- 多样性
-maxns:最大化节点大小的标准值。(默认值: 100*您可能需要根据标准和 网络)
在-d:输出图的密度(默认值:“正常”)
- 密度
- 正常
- 稀疏
-pos:图形布局的节点定位算法。(默认: ‘fa’)
- 金融机构: forceatras2
- kk:kamada kawai>;Tomihisa kamada和Satoru kawai。算法 用于绘制一般无向图。信息处理 《书信》31:7-15,1989年。在
-dln:显示标签的数量。(默认值:20)
在
许可证
这个项目是在麻省理工学院的许可下授权的-参见 LICENSE文件以获取详细信息
- 项目
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