自动图形可视化软件包

auto-graph-visualizer的Python项目详细描述


的自动图形可视化包 `细胞景观<;https://cytoscape.org/>;`__.

更多详细信息

自动图形可视化技术(AGVIZ)是细胞景观工程之一。 AGVIZ将细胞景观的一些可视化信息附加到 网络结构信息(CX format)。在

系统要求

要使用AGVIZ,您需要以下内容:

  • Ubuntu(推荐>;=18.04)或macOS(推荐>;=10.14)
    • Windows不受支持
  • Python 3.x版

安装

下载或克隆此存储库

$ git clone https://github.com/idekerlab/auto-graph-visualizer

在下载(克隆)目录中,使用设置.py在

^{pr2}$

安装

时的已知问题
  • 可能是python-igraph安装有错误 取决于某些环境。在这种情况下,请尝试以下方法 先安装后安装。在

    $ apt install build-essential python3-dev libxml2 libxml2-dev zlib1g-dev
    

    用法

    $ cat your_file | agviz
    

    选项:

  • -n:输出图形名称(.cx)。(默认值:'测试输出')

  • -p:输出目录路径。(默认值:“./”)

  • -a:社区检测算法。(默认值:'贪婪')

    • 贪婪:基于贪婪的模块化优化 detail
    • 特征向量:纽曼的特征向量社区结构检测。 detail
    • labelprop:Raghavan等人的标签传播方法。 detail
    • 休息:社区检测休息服务。 detailgithub查看 `示例<;https://github.com/idekerlab/auto-graph-visualizer/blob/master/examples/UsingRestComDetec.ipynb>;`__ 如何使用。
  • -cp:基本调色板。(默认值:“hls”)

    • hls公司
    • 重音
    • 集合1
    • 轴承
    • hsv公司
    • gnuplot公司
  • -ns:节点大小的标准。(默认值:“中间性”)

    • 亲密度
    • 学位
    • 页面排名
    • 中间性
    • 多样性
  • -maxns:最大化节点大小的标准值。(默认值: 100*您可能需要根据标准和 网络)

  • -d:输出图的密度(默认值:“正常”)

    • 密度
    • 正常
    • 稀疏
  • -pos:图形布局的节点定位算法。(默认: ‘fa’)

    • 金融机构: forceatras2
    • kk:kamada kawai>;Tomihisa kamada和Satoru kawai。算法 用于绘制一般无向图。信息处理 《书信》31:7-15,1989年。在
  • -dln:显示标签的数量。(默认值:20)

作者

许可证

这个项目是在麻省理工学院的许可下授权的-参见 LICENSE文件以获取详细信息

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