以存储库为中心的抽象分析框架
arcana的Python项目详细描述
以存储库为中心的分析(Arcana)的抽象是python框架 对研究组进行“以知识库为中心”的分析(如神经成像 研究)建立在Nipype之上。
Arcana与存储库紧密交互,存储中间 输出,以及用于派生它们的参数,供 后续分析。存储库可以是XNAT存储库,也可以是 纯文件系统目录和BIDS模块正在开发中。
分析工作流使用Nipype构造和执行 包,可以在本地运行,也可以提交给hpc 使用Nipype的执行插件的调度程序。用于请求的分析 输出,arcana通过查询确定所需的处理步骤 用于检查之前丢失的中间输出的存储库 构造工作流图。在环境中运行时 安装了Environment Modules后, Arcana根据管理软件模块的加载和卸载 管道节点。
设计
Arcana采用面向对象的理念设计,具有 采集和导出的数据集以及分析管道 用于派生封装在“研究”类中的派生数据集。
Arcana包本身只提供抽象的study和 multistudy基类,设计为 提供代表可以执行的分析的专业类 关于特定类型的数据(如fmristudy、petstudy)。这些特定类别 然后可以进一步细分为特定于 从预处理中学习并集成完整的分析工作流 统计。
安装
arcana可以使用pip为python 3安装:
$ pip3 install arcana