简单的炼金术图书馆
alchemlyb的Python项目详细描述
警告：此库很年轻。它是不稳定的api。这是一个 成核点。一定要使用并帮助改进它，但要注意它会 随时间变化。
alchemlyb试图使炼金术自由能的计算更容易 通过充分利用PyDATA堆栈的全部功率和灵活性来实现。它 包括：
- 从普通分子输出文件中提取原始数据的解析器 动力学引擎，如gromacs [Abraham2015]。
- 用于从时间序列数据中获取不相关样本的子样本。
- 直接从这些数据中获得自由能的估计器，使用 多状态bennett接受率（mbar）的最佳实践方法 [Shirts2008]和热力学积分（ti）。
特别是，它在内部使用优秀的pymbar库来执行mbar和提取 独立平衡样品[Chodera2016]。
| [Abraham2015] | Abraham, M.J., Murtola, T., Schulz, R., Páll, S., Smith, J.C., Hess, B., and Lindahl, E. (2015). GROMACS: High performance molecular simulations through multi-level parallelism from laptops to supercomputers. SoftwareX 1–2, 19–25. |
| [Shirts2008] | Shirts, M.R., and Chodera, J.D. (2008). Statistically optimal analysis of samples from multiple equilibrium states. The Journal of Chemical Physics 129, 124105. |
| [Chodera2016] | Chodera, J.D. (2016). A Simple Method for Automated Equilibration Detection in Molecular Simulations. Journal of Chemical Theory and Computation 12, 1799–1805. |
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