精确的扩增子比对基因一致性
A2G的Python项目详细描述
全局基因扩增子（A2G2）
这个程序实现了逐步算法来对齐一个大集合 一个参考基因或一大组序列的扩增子 以参考共识为基础。这个节目 使用传统的多对中器，如MAFFT（默认），和 肌肉，并可扩展到其他对准器。在
问题
一些分类分配软件需要一组对齐序列， 在查询中和在引用中一样。例如使用 环境DNA（eDNA）或试图用 由于 内存和计算限制。另一个观察是 大规模的排列通常会在序列中引入更多的间隙，并且 不应在该区域中对齐的线段的对齐。 在这里，A2G2将使用全局到局部对齐来 避免此类问题，并保持放大器的无上限对齐。在
基本用途
A2G2将通过以下方式为您提供帮助：
A2G -h
这应该会给你这样的东西：
^{pr2}$然后要运行它，只需键入：
A2G global_target local_target query_file --cpus 10 --out_prefix prefix --remove_duplicates
使用这个命令，您将使用global_target作为整个区域，local_target作为amplicon引用
sequence来定位查询序列，query_file包含查询序列。这些是必须的
论据。可选参数允许您控制执行。--cpus允许您提供cpu的数量
使用。在本例中，最多将使用10个CPU。--out_prefix更改生成的输出的前缀。最后，
--remove_duplicates选项将只保留唯一序列。在
如果使用no_write选项，A2G2将输出对齐
标准输出，其他信息标准化错误。如果你想抽烟的话
只有对齐，才能将标准错误重定向到空设备：
A2G global_target local_target query_file --cpus 10 --out_prefix prefix --no_write 2> /dev/null
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