如何使用python从pdb文件中仅选择具有杂原子的RNA?我试图在一个复杂的蛋白质/RNA PDB文件中分离RNA和蛋白质,我想要所有的RNA信息,在碱基之间有杂原子,但没有H20等。 简而言之,我希望pdb文件的RNA部分没有不连续的行 我用生物PDB选择 ...2024-06-26 已阅读: n次
使用Biopython的PDBIO创建PDB文件时出现类型错误,仅适用于某些文件我正在编写一个脚本,对蛋白质结构(CIF文件)重新编号,然后保存它们(PDB文件:Biopython没有CIF保存功能)。你知道吗 对于我使用的大多数文件,它是有效的。但是对于像6ek0.pdb、5t ...2024-06-26 已阅读: n次
如何在对PDB生物python我从一个PDB文件中读取并提取了原子的信息,然后做了一个Superimposer()以使突变与野生型一致。如何将原子的对齐值写回PDB文件?我试图使用PDBIO()库,但它不工作,因为它不接受列表作为 ...2024-06-26 已阅读: n次
从电子显微镜结构中提取链我需要从PDB提供的cif格式的结构文件中提取单链。我读过几个相关的问题,比如this和this。如果链ID是整数或单个字符,建议的解决方案确实可以很好地工作。如果应用于6KMW等结构以提取链aA,则 ...2024-06-26 已阅读: n次