如何在python中验证用户输入 我是python的新手,我正在尝试如何验证用户输入。我想让用户提交一个DNA序列,并想验证它是一个DNA序列。可接受的输入可以有大写或小写的atcg和空格,我不确定具体怎么做。 到目前为止,我可以请 ...2024-09-30 已阅读: n次
如何.rjust().rjust()是如何工作的?为什么它会将字符相对于前一个字符放置,而不是相对于第一个字符放置(放置在屏幕最左边还是最左边)? 我有一个例子: def pairwiseScore(seqA, seqB ...2024-09-30 已阅读: n次
如何找到序列中特定字母旁边的回文? 我有一个脚本,它返回DNA序列中的回文子字符串 sequence="GATCTCTATACCAACTCAAAATGAAGACTCTTCTTTACACTTTCGAGCTCAGCAGGCTTACCG ...2024-09-30 已阅读: n次
如何使用布尔值检查字符串中的某些字符?如果我想知道字符串中是否有字符,如何找到?字符串将作为布尔值返回。正文如下: 如果在字符串中找到字母“A”、“T”、“C”或“G”,则返回True。如果不是,则返回False。在 def是有效序列(d ...2024-09-30 已阅读: n次
删除由、N或?对齐我想知道是否有一种方法可以使用perl或python从MSA中删除只有间隙和/或N和/或的列(除了核苷酸以外的所有东西)。它将在多个MSA上运行 seq1 ATCGNN-??ATCG s ...2024-09-30 已阅读: n次
在python中使用索引进行更快的字符替换我有一大套150万的DNA序列 每一个都有来自ATCG集合的大约1k个字符 我正在模拟错误突变,这需要很多时间才能完成。我已经确定了我的瓶颈,即更改字符串字符的函数: def f(sequence, ...2024-09-30 已阅读: n次
根据随机生成的numb从列表中删除元素此函数应获取一个病毒列表,如[ATCG,GTAC….]和一个表示病毒死亡/从列表中删除的几率的致命粒子(介于0和1之间)。它应该返回一个包含剩余病毒的新列表。每一种病毒都有一个单独的死亡机会,所以当致 ...2024-09-30 已阅读: n次
匹配上一个匹配模式的精确字符串我想匹配字符串中某些字符长的部分(一般情况:这将是一个随机模式),并将在整个字符串的下一部分再次匹配。你知道吗 对于给定的字符串示例: GAC ATCG GTAACGCATGAATT GTCA ...2024-09-30 已阅读: n次
如何先按键长,然后按值列表中的元素对字典排序?我想先按键的长度对字典排序,然后按值列表中的一个元素排序。你知道吗 到目前为止,我已经接近使用lambda排序,但我遇到了问题,因为我的值是列表。文档不清楚如何处理这个问题(或者至少据我所知)。你知道 ...2024-09-30 已阅读: n次
不等长度多序列比对我需要一种方法来创建一个一致序列的3-1000个短(10-20bp)核苷酸(“ATCG”)读不同长度。在 一个简单的例子: "AGGGGC" "AGGGC" "AGGGGGC" "AGGAGC" "A ...2024-09-30 已阅读: n次
读取ATCG的DNA序列,计算第三个p我想读取ATCG的DNA序列,并计算出排在第三位的ATCG的数目。你知道吗 例如1: DNA=AAATTCCCGG 排在第三位的ATCG是这样的:AA'A'TT'T'CC'C'GG'G' 所以在这个序 ...2024-09-30 已阅读: n次
如何将文件从python程序传递到perl脚本,然后在python中重新打开它?我有一个python程序,可以打开和操作一个文件。它接受一个带有单个fasta条目的文件(ex1)并将其拆分为一个mulit fasta文件(ex2)。你知道吗 例1: >genome_fast ...2024-09-30 已阅读: n次