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如何在字典中的两个短字符串之间得到一个字符串。。。Python

早上好。我有一个字典（在python中），其中键作为名称，值作为dna序列（'acgt…'）。我需要从这个字典的值中得到两个特定的三个字母之间的所有字符串（'atg'作为起始点，'taa'、'aag ...

2024-09-24 已阅读: n次

我一直在努力寻找ACGT基因组中的一个序列。问题是我要说AAAAAAAA到aaaaaac等等，直到我尝试了所有可能的组合。在我基本上是通过创建两个列表，一个包含A、C、G、T，另一个包含8个字符序列 ...

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我有三个序列的列表 seq_list = ['ACGT', 'ATTT', 'ACCC'] 我想从列表中提取列，并使用python中的嵌套循环将其存储在另一个列表中最终输出应该是 ^{pr2}$ ...

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我有一个序列 seq = 'CCGATGACCTCACAGCCGCCTCCTGCCTTGAGGAAAGGAACTGCAATTCC' 我试图得到长度为23bp，以NGG结尾的序列，其中N=A或C或T或 ...

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我正在使用Python字典将DNA碱基读入密码子，但我希望程序能够识别是否有无意义的输入。目前所发生的一切是，当使用类似 “密码子+=cod[F[x]]” 是否有一种方法可以在基址字符串（例如AGCT ...

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我有一组文本文件，其中包含两个长度相同的非常大的字符集。字符集是DNA序列，所以我将它们称为seq_1和{}，它们一起被称为alignment。文件如下所示： >HEADER1 NNNNNNNN ...

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给出两个词： AT TC 我想生成所有可能的组合（这里不确定组合是否适用），这些组合可以通过将这两个字符串中的一个字符替换来生成，结果是： ^{pr2}$ 编辑：我试过了： from iterto ...

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我有一个字符串，我需要将该字符串与序列匹配，并确定在该序列中找到匹配序列的次数但它有以下条件序列只能包含ACGT有效字符，因此seq可以是acgtctg 字符串可以是ACGnkG 其中n可以用A或 ...

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以下是我目前掌握的代码： import re with open("link_allenz.txt") as f: s = f.read() baseDict={'A':'A','C': ...

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我有一个包含许多DNA序列的文本文件，每一个都有20个碱基对。我想把文件读入一个dataframe，每个基作为它自己的列，而不使用for循环或其他需要对整个文件进行迭代的东西，因为文件非常大。你知道吗 ...

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我正在编写一个脚本，返回一个DNA序列（带有不明确的字母）是否包含某个子序列（也带有不明确的字母）。你知道吗我尝试过为序列和子序列创建正则表达式，但没有找到一种方法来确定后者是否出现在前者中。我需要 ...

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我有均聚物，是重复的，如ACACAC，GTGT等我如何在python中使用regex查找这样的模式。例如 seq = 'ACCTTAAAGG' x = [(m.group(), m.start()) ...

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