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最新问答
我想对我生产线中的每个样品做一次特殊的修整
我在下面的配置中有一个示例列表：
#######################
# Config data #
############ ...
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我正在尝试构建snakemake工作流，该工作流将提供指向本地文件的符号链接（如果该文件存在），或者如果该文件不存在，则将下载该文件并将其集成到工作流中。为此，我使用了两个具有相同输出的规则，并使用r ...
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我需要一些帮助来解析pandas DataReader的输出：
history = pandas.io.data.DataReader("YHOO", "yahoo", '2010/1/1', )
...
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我尝试使用子目录作为通配符，但是snakemake将通配符扩展到子目录中。我试图提出一个最小的例子，但这并不容易。如果例子不那么清楚，我会道歉。不过，它应该是开箱即用的
管道说明
rule first ...
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我正在尝试设置一个工作流，在该工作流中，当给定一个文件FIRST时，该文件被拆分为$k$separate files，其中k未知，SECOND_1, SECOND_2,...,SECOND_k以进行并 ...
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也许这个问题已经得到了回答，但我无法提出正确的查询来找到它
我有一个大文件需要分析。为了快速完成这项工作，我首先将大文件拆分为多个小文件，并对每个小文件分别进行并行分析。对于这一点，我有这样的想法：
...
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我不熟悉Snakemake，并试图弄清楚嵌套配置值是如何工作的。我已经创建了以下配置文件。。。在
# dummyconfig.json
{
"fam1": {
"numchr" ...
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Edit 2 : I figure it out. I posted my answer as reply.
Edit 1 : I added a beginning of solut ...
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好吧，我一整天都在想办法解决这个问题，但没用。。。我正在下载和分析RNA测序数据，我的分析包含了两种风格的公共数据集：单端读取和成对末端读取。本质上，我的工作流开始处理的每个原始文件可以是一个名为{s ...
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这段代码的目标是用户输入一个字符串，其中包含三个任意顺序的“通配符”。我在我的程序中赋予了一个意义？是任意字母或数字，#是任意数字，&是任意字母）。然后我想要一个适当字母和/或数字的每个组合的列表，但 ...
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我有两个数据帧：一个（A）具有一些regex格式的白名单主机名（即(.*)microsoft.com，(*.)go.microsoft.com…）和另一个（B）具有站点的实际完整主机名。我想用白名单（ ...
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我正在编写一个蛇形游戏来执行多个操作。除了最后一条（mvQsubLogs）之外，所有规则都适用于测试文件。一旦某些操作完成，最后一条规则应该将由qsub命令（我正在集群上运行snakemake）生成的 ...
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