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关于atgc 相关联的Python项目和问题：

sample = ['AAAA','CGCG','TTTT','AT$T','ACAC','ATGC','AATA'] Position = [0, 1, 2, 3, ...

2024-09-27 已阅读: n次

我在罗莎琳德试验GC含量问题。我想我可以把提供的FASTA格式文件的内容读入一个列表。使用该列表创建一个字典，其中Rosalind ID作为键，ATGC字符串作为值。为此，我将文件读入一个字符串变量， ...

2024-09-27 已阅读: n次

实际上我有fasta的文件，比如： >seq1:QXQXQWQ:XQWQ ACTG >seq3:WCCWHWJ:WGH ATGC >seq7:GCGC:G ATGACA 我想去掉第 ...

2024-09-27 已阅读: n次

我正在尝试将一个文件加载到一个具有非常特定格式的字典中。格式是一个>字符，第一行后跟一个数字，第二行后跟一个唯一的字符串。数字表示看到字符串的次数。你知道吗例如，可以使用一个线对 >5 ...

2024-09-27 已阅读: n次

我想用Python中的位编码来编码核苷酸“A”、“G”、“C”和“T”。例如： 'A' = 00 'G' = 01 'C' = 10 'T' = 11 为了建立一个包含k-mers的巨大dict，比 ...

2024-09-27 已阅读: n次

我想在一个文件中搜索DNA序列，这个序列只包含[ATGC]，4个字符。我尝试这个模式： m=re.search('([ATGC]+)',line_in_file) 但是它给我的命中率是所有行至少包含 ...

2024-09-27 已阅读: n次

我需要生成字符串STA和STB。在 STA和STB是长度为10的字符串，每个字符串只能包含字符A、T、G或C 我必须生成所有可能的STA组合，并根据STA生成STB。在方法是，字符A总是与T和vic ...

2024-09-27 已阅读: n次

如何对连字符的fasta格式字符串进行编码，以将所有连续的核苷酸和连字符以及encode them as run length分组。在把我的序列看作“ATGC----CGCTA--G---”。字符串 ...

2024-09-27 已阅读: n次

我想知道是否有更有效的方法来引用列表/字典中每个项/键的每个索引。Here's a bigger sample dictionary. raw_dict = {'atgc': 1, 't': 0, ' ...

2024-09-27 已阅读: n次

正在努力寻找序列“TAA”（三个字符的三胞胎）“TAA”。我尝试了以下方法： re.findall('TAA...+?TAA',seq)这当然不是三胞胎，而是序列 re.findall('TAA([ ...

2024-09-27 已阅读: n次

我正在尝试用熊猫sereis中字符的按列出现来填充dict。序列如下： >>> jkl 1 ATGC 2 GTCA 3 CATG Name: 0, d ...

2024-09-27 已阅读: n次

我希望能够替换某些字符。所需的更换顺序应为 A->；U、 T->；A、 G->；C、 C->；G 但由于某种原因，C并没有被G取代。我已经链接了到目前为止的代码 v = "A ...

2024-09-27 已阅读: n次