加载NCBITaxa崩溃我在功能强大的服务器上使用ete2模块已经有一段时间了。 一切都很好,直到它开始运行非常缓慢(每分钟一个get_taxid_translator()函数),现在我甚至无法通过ncbi = NCBITa ...2024-05-17 已阅读: n次
TextFace:叶标签大小(fsize)在圆形树状图上没有变化(python3)我一直在为ete3开发一个包装器,在这个包装器中,我可以自定义叶标签(即显示哪些叶子的标签)和节点的存在(即显示哪些叶子节点)。我遇到的一个问题是定义标签大小。在 当我试图改变TextFace中的fs ...2024-05-17 已阅读: n次
在python3中导入特定路径中的包我需要导入一个名为ete3的包: from ete3 import EvolTree 我的问题是: 我有两个本地化的软件包: ~/path1/path2/ete3 ~/path1/path3/e ...2024-05-17 已阅读: n次
ete3:如何从分类id中获取分类等级名称?我想用它来转换一组标识符,但是我需要确切地知道每个分类代码被分配了哪个分类等级。下面显示的是一个转换的例子,它很有意义,但是我不知道给一些分类法调用加上什么标签。{基本的属、门、门、属是基本的、属的、 ...2024-05-17 已阅读: n次
如何使用newick格式的树字符串[Python]正确更新空的ete3.Tree对象?我正在创建一个从ete3.Tree继承的类。我想向对象添加一个newick格式的字符串,但我想不出更新对象的正确方法我希望下面的t2与t1的结构相同,所谓结构,我的意思是与我一样构建t2对象,就像我构 ...2024-05-17 已阅读: n次
将链接矩阵转换为树(scipy.cluster.hierarchy.tou树,Python3)我想把一个链接矩阵转换成一棵树(在接下来的步骤中将其转换为newick格式)。链接矩阵如下所示: [[ 0. 1. 1. 2.] [ 2. 4. 4. 3.] [ 3. 5. 6. ...2024-05-17 已阅读: n次
“模块”没有属性“Treestyle”如果在stackoverflow上发现了一些点击,在PyQT4没有安装的情况下,人们在使用ete3工具时遇到问题,这(过去)也适用于我。然而,我现在试图重新安装一个软件,它总是抱怨“模块”没有属性“T ...2024-05-17 已阅读: n次
如何在python3中将带有元数据的Dendropy对象传递给ete3?如果我有一个树状目录树,我用一些元数据(例如一些分类法)对它进行了注释,那么如何将带有元数据的整个树转换为ete3对象呢?你知道吗 import dendropy t = dendropy.Tree ...2024-05-17 已阅读: n次
使用ete3获取祖先节点编号我需要获取ete3中树中的节点号 下面是一个树的示例: rooted_tree = Tree( "((A,B),(C,D));" ) print rooted_tree # # / ...2024-05-17 已阅读: n次
python3上的ete3模块无法导入TreeStyle、faces、AttrFace、NodeSty我是一个linux用户,到目前为止,我已经在python2中成功地使用了ete3。在 我为python3安装了ete3,有些模块python3找不到。我相信我已经按照说明安装了所有的依赖项。在 我可以 ...2024-05-17 已阅读: n次
无法在MacOS Si上从ete3 Python运行t.render()。我试图从ete3网站运行代码,但始终收到以下错误: ImportError Traceback (most recent call last ...2024-05-17 已阅读: n次
使用python3指定放置下载文件的路径我正在使用一个名为ete3的python包,在此过程中,我需要使用以下命令下载一个巨大的数据库: from ete3 import NCBITaxa ncbi = NCBITaxa() ncbi.up ...2024-05-17 已阅读: n次
ete3树探索环境(ete)是一个python编程 帮助重建、操作、分析和 系统发生树的可视化(尽管聚类树或任何 也支持其他类似树的数据结构)。 ETE目前是为从事 系统发育学和基因组学。如果你把ETE用于出 ...2024-05-17 已阅读: n次
taxonomy-ranks分类等级 1简介 使用ete3 python3模块(http://etetoolkit.org/)获取分类等级信息 2安装 确保您的pip来自python3 $ which pip /Users/me ...2024-05-17 已阅读: n次