scikitbio从gff3 fi中提取基因组特征在scikit bio中,是否可以从基因组fasta文件中提取存储在gff3格式文件中的基因组特征?在 示例: 在基因组.fasta在 >sequence1 ATGGAGAGAGAGAGAGA ...2024-06-29 已阅读: n次
如何将CSV转换为GFF3?我想把.csv文件转换成GFF3文件。csv文件包含注释数据。我知道我应该先解析.csv文件,然后再写.gff文件,但我不知道完整的代码 ...2024-06-29 已阅读: n次
如何使用Python修改tsvfile列我有一个GFF3文件(主要是一个有9列的TSV文件),我试图在文件的第一列中做一些更改,以覆盖对文件本身的修改 GFF3文件如下所示: ## GFF3 file ## replicon1 ## rep ...2024-06-29 已阅读: n次
Python将gff3格式转换为制表符分隔的格式我正在寻求帮助将gff3转换为python中的制表符分隔格式。gff3格式是MetaGene的输出(ORFs标识) 这是gff3格式 # 1 # gc = 0.431382 # bacteria ...2024-06-29 已阅读: n次
如何删除文件中某个点以下的所有内容。我有一个GFF3文件,在文件的底部有一个关于基因组的FASTA报告。 I have attached an image of what I mean 我想删除“##FASTA”行下的所有内容,包括该行 ...2024-06-29 已阅读: n次
在OS X上,Python ctypes''u as\'u param'和'from\'param'的问题Python太长了,读不下去了,在{ < < CD3>}中,描述了Python的{{CD3}}文档中的机制,似乎不能正确地使用OSX.问题,我们的代码或^ ^ }?在 一点上下文 GenomeToo ...2024-06-29 已阅读: n次
genial 这个库提供了交互符号,基因组注释的高级表示, 允许用户轻松提取信息、操作和重新格式化常用注释 诸如bed和gff之类的文件。 该软件包目前处于alpha阶段,只在python3上运行。 支持的格式 ...2024-06-29 已阅读: n次
pygff 安装: 有多种安装选项 # Recommended: from conda-forge conda install -c conda-forge pygff # From PyPI pip ...2024-06-29 已阅读: n次
gffpandas gffpandas panda数据框中的gff注释 免费软件:ISC许可证 文档:https://gffpandas.readthedocs.io。 关于gffpandas gffpan ...2024-06-29 已阅读: n次
gff3toolgff3toolkit-处理gff3文件的python程序 背景 GFF3 format(通用特征格式版本3)是描述和表示基因组特征的标准格式之一。这是一种难以置信的灵活,9柱格式,这是很容易 ...2024-06-29 已阅读: n次
mirtopmirtop 用标准命名mirnas e isomirs进行注释的命令行工具。 此工具采用此处约定的mirna gff3格式:https://github.com/miRTop/mirGFF3 ...2024-06-29 已阅读: n次
gff3 操作基因组特征并验证^{tt1}$文件的语法和引用序列。 自由软件:NAL公共域许可证 文档:https://gff3-py.readthedocs.org。 功能 简单数据结构:将^{tt ...2024-06-29 已阅读: n次