Python 基序_专题 - Python中文网

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关于基序相关联的Python项目和问题：

分析DNA序列中的串联重复模体

帅哥们：）。我对Python编程没有太多的帮助，因为我在编写Python方面没有太多的经验。我正在研究DNA序列中的短串联重复序列，我想有一个代码，可以读取和计算基于特定位点串联基序的重复核苷酸。在 ...

2024-06-15 已阅读: n次

寻找sequen的主题

我正在寻找脚本的可能算法，它将搜索我在str对象中定义的长DNA序列，寻找指定的基序（较短的DNA片段），计算每个发现（假设我的序列有几个相同的基序），并在检测到基序的序列中打印第一个核苷酸编号。假 ...

2024-06-15 已阅读: n次

从XML文件创建字典

我有一个XML文件，如下所示： <?xml version="1.0" encoding ="utf8"?> <rebase> <Organism> & ...

2024-06-15 已阅读: n次

基于序列位置在列表之间创建组合

我正试图从已知蛋白质序列中的保守基序的洗牌中创建序列。你知道吗例如： seq1 = ['ABC', 'DEF', 'GHI'] seq2 = ['JKL', 'MNO', 'PUR'] seq3 = ...

2024-06-15 已阅读: n次

识别整数列表中的保守序列

我有整数列表： [[1,2,3,4,5,6,7,8,9], [1,2,-7,-6,-5,-4,-3,10,11,12], [3,4,-5,6,7,8,11,12,2,2], ...

2024-06-15 已阅读: n次

用DrawMorganBits找到一组独特的片段

我正在训练一个随机森林与scikit学习摩根指纹，想知道哪些结构基序是最重要的。为此，我想在x最重要的特性中绘制所有产生on位的片段。你知道吗我在新版本中找到了Draw.DrawMorganBits ...

2024-06-15 已阅读: n次

正则表达式搜索无法终止

我正在序列中搜索基序（它们有间隙，这就是为什么正则表达式在模式中的每个符号后面都有一个-*看起来过于复杂）。以下代码不会停止执行 import re line = """MRVKE---TRKNY- ...

2024-06-15 已阅读: n次

寻找具有退化位置的母题

我有一个使用简并核苷酸序列的15 mer核苷酸基序。示例：ATNTTRTCNGGHGCN。在我会搜索一组序列来寻找这个母题的出现。然而，我的其他序列是精确序列，即它们没有歧义。在我已经尝试在序列中 ...

2024-06-15 已阅读: n次

如何在python中可视化/绘制SOM？

我想为我的集群结果(this kind of map)创建一个映射。在我的输入示例（基于DNA序列基序）：图案1=0.19,0.95,0.01,0,0.76,0,1.04,0,0,0.05,0,1 ...

2024-06-15 已阅读: n次

python计算序列列表中存在和不存在子字符串的数量

你可以在这里得到数据！ 2shared底部下载我在用python分析生物数据。在我写了一段代码，在长字符串列表中查找匹配的子字符串。在子串在一个列表中，长度为7个核苷酸。在因此，在列表中，从A ...

2024-06-15 已阅读: n次

Python3：字符串列表，其中字符串具有可变字母（并非所有位置的所有字母）

首先是一些生物学背景，让你理解我的问题。在生物学中，DNA序列可以包含由酶或蛋白质识别的基序。这些图案是弦，像“GACTGC”。分析可以揭示，一个位置在母题是“保守”与否酶可能识别“GACTGC”最 ...

2024-06-15 已阅读: n次

在sklearn中可以使用字符串元素作为输入吗？

我试图用sklearn分析我的数据，看看元素之间是否存在某种相关性。我的数据集是一个很短的蛋白质基序，序列非常多样。我的输入如下： 1p 2p 3p 4p 5p gen ...

2024-06-15 已阅读: n次

mbin

mbin概述 mbin：一个基于甲基化的亚基因组smrt测序binning框架读取 mbin管道的设计是为了发现亚基因组smrt测序读取中dna甲基化的独特信号，并利用它们将组装好的conti ...

2024-06-15 已阅读: n次

modisco

从基对水平重要度得分中发现合并模式的算法 ...

2024-06-15 已阅读: n次

peako

豌豆什么是豆子？ Peako在芯片序列数据集中发现了具有敲除控件的基序。peako将成对的wild-type/knockout bam文件以及几个引用文件作为输入。它返回一个排序主题的文件（请参阅我 ...

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GMM

该软件包提供了一个基本框架和支持功能，用于使用图形基序生成网络结构网络结构。支持这一方法的文件目前尚未发表，是一份工作草案，但可应作者要求提供。安装要安装gmm软件包，您可以使用setupto ...

2024-06-15 已阅读: n次

metmap

大都会地图 dna甲基转移酶结合基序质粒组装器总体目的：同时鉴定多个DNA甲基转移酶（DNA-MTase）的基序快速启动此脚本需要Python3.6或更新版本。使用“pip insta ...

2024-06-15 已阅读: n次

motiffinder

Motif查找器一种新的蛋白质基序鉴定方法重要这段代码是BETA版的，功能可能会改变，恕不另行通知使用量提供文本查询文件，这是必需的如果不使用手动motif，还可以使用-m标志提供一个以上的 ...

2024-06-15 已阅读: n次

dismotif

dispurate disrupted changes ...

2024-06-15 已阅读: n次

fastqcparser

#欢迎使用fastqcparserpython api解析“fastqc<；https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/& ...

2024-06-15 已阅读: n次

Python 基序

关于基序 相关联的Python项目和问题：

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