Python kmer_专题 - Python中文网

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关于kmer 相关联的Python项目和问题：

在这个python脚本中，什么在使用所有的RAM？

我有一个非常简单的python脚本，如下所示。在我的使用中，它只计算一个text file of DNA中长度为2的不同字符串的数目。在 #!/usr/bin/python #Count the nu ...

2024-05-19 已阅读: n次

python pandas列号作为科学提示

我有一个非常大的脚本，要大到在这里张贴，所以我希望有人可以帮助我而不是张贴整个脚本。。。在我的脚本中，我有多个带有数字的列（“AAAAA”：“TTTTT”）列，我用一列中的数字除以这些数字（“kme ...

2024-05-19 已阅读: n次

将字典代码合并到De Bruijn graph cod中

这是一个正在进行的课堂作业。自从上一次发帖后，我想了几件事该怎么做。我在读《生物信息学算法迷失》的帖子，我想我已经知道我该怎么做了。简而言之，在一个文本文件中，我们得到了一个kmer列表，如下所示（没 ...

2024-05-19 已阅读: n次

尝试使用numpy在字典中创建给定值的直方图，并不是所有值都显示出来

我目前正在尝试创建一个直方图，用以显示我创建的字典中的值。我已经在这里搜索了类似的questions，但是我仍然对这个块感到困惑。抱歉，如果这是一个重复的问题。你知道吗词典olf\u kmer\u ...

2024-05-19 已阅读: n次

计算模式频率

我正在尝试做一个程序，在文本中搜索，并根据所需的kmer长度提取模式。然后，我希望它使用我从课堂上学到的算法将这些模式转换成数字，并将这些值存储到字典中，这样我就可以计算出每个模式的频率。我知道我可 ...

2024-05-19 已阅读: n次

如何在循环python中使用子字符串创建字典

我有一个fasta文件，里面有数百万个DNA序列——每个DNA序列都有一个ID >seq1 AATCAG #----> 5mers of this line are AATCA and A ...

2024-05-19 已阅读: n次

Python模块导入是否依赖于代码的运行方式？

我不认为任何语言会像python那样让人头痛，因为导入其他源文件这么简单。所以问题是：我的模块导入是否需要依赖于代码应该如何运行？你知道吗我有以下目录结构： ./__init__.py ./co ...

2024-05-19 已阅读: n次

如何在不覆盖列表的情况下迭代不同的行

我需要帮助我的脚本-我已经花了很多时间，但无法调整脚本的方式，以提供预期的输出我有一个以下格式的文件： >seq1 ACTGTAG #---> 6mers of this line ar ...

2024-05-19 已阅读: n次

在字典python中找到键时更新值

tiny_reads = [ Sequence('CGTGCAA'), Sequence('TGCAATG'), Sequence('ATGGCGT'), Sequence('GGCGTGC'), S ...

2024-05-19 已阅读: n次

python循环字典值引用更新所有值

我在用python更新字典中的值时遇到问题。我试图为一个第一级键更新一个嵌套值（可以是int或list），但是我更新了所有一级键的值。在我从创建字典开始： kmerdict = {} innerdi ...

2024-05-19 已阅读: n次

在一组DNA链中找到所有（k，d）基序

基本上，问题是要找出所有可能的基序（k-mers长），在一组字符串DNA中不超过d个不匹配。我可以写下面的代码来找到一个字符串DNA的所有模体（k，d）。我不知道如何修改我的代码，当它出现多行字符串D ...

2024-05-19 已阅读: n次

将字符串转换为一个热编码矩阵，然后馈送到神经网络

我有很多DNA序列数据，它们已经被读入xtrain。每个样本都有一个标签（分类问题），已读入ytrain tokenizer = keras.preprocessing.text.Tokenizer( ...

2024-05-19 已阅读: n次

ksiga

要使用（小心），只需执行以下操作： {pr 1}$ ...

2024-05-19 已阅读: n次

seekr

参见kr 根据kmer频率找出核苷酸序列的群体。可在seekr.org找到一个门户网站安装要使用此库，您的计算机上必须有python3.x。一旦有了python，请运行： $ pip in ...

2024-05-19 已阅读: n次

fasta-one-hot-encoder

简单的python可以使用多个进程懒洋洋地对fasta文件进行一次热编码，这些进程可以是单基进程，也可以是任意kmer进程。如何安装此软件包？像往常一样，只需使用pip: pip instal ...

2024-05-19 已阅读: n次

kMer

kmer已重命名为kpal： kPAL repository on GitHub kPAL documentation 使用pip通过pypi安装最新版本： pip install kPAL ...

2024-05-19 已阅读: n次

krocus

#krocus基因组测序正迅速被参考实验室和医院用于细菌爆发调查和诊断，而时间是关键。七基因多位点序列分型是一种标准工具，用于将样本大致分为序列类型，在许多情况下，允许在暴发中或暴发中判定样本，或允许 ...

2024-05-19 已阅读: n次

frisk

frisk：使用多阶kmer检测序列组成异常。此包Python名称：frisk 目前版本： frisk 0.1.10 最后维护时间 ...

2024-05-19 已阅读: n次

kitsune

一。风筝 + kitsune是一个评估数据集中最优k-mer长度的工具。 2.基础 + kitsune提供了许多方法来评估给定k-mer的信息量。这种定量测量可用于计算所需k-mer的量三。安装 ...

2024-05-19 已阅读: n次

kmer_vec

kmer_vec 此包Python名称：kmer_vec 目前版本： kmer_vec 0.1.0 最后维护时间：May 17, 2 ...

2024-05-19 已阅读: n次