在pyMOL中分层或使某些氨基酸“弹出”我一直在努力让某些(比如配体或辅因子)从分子中弹出,就像你在photoshop中选择图层一样。我如何选择某些物体或氨基酸在所有其他层之前。e、 我有一个分子的表面表示,里面有一个辅因子,但我只希望辅因 ...2024-06-29 已阅读: n次
Python嵌套for循环:我做错了什么?我正在处理从类似电子表格的文件中提取的数据。我试图为每个“配体”找到对应“能量”最低的项目。为了做到这一点,我试图列出我在文件中找到的所有配体,并将它们相互比较,使用索引值找到每个配体的能量,保留能量 ...2024-06-29 已阅读: n次
有没有办法从配体残基中获得完整的原子列表?我目前正在解析由蛋白质口袋和配体分子组成的PDB文件。 每个配体的残基名称设置为“UNL”,PDB文件如下所示: HETATM 82 C UNL 1 26.597 -14. ...2024-06-29 已阅读: n次
为AutoDockTools同时生成多个pdbqt文件的Python脚本?我有一个pdb配体结构的文件夹,我想在一些使用AutoDock Vina的特定蛋白质对接实验中进行测试。 我不熟悉Python,所以我一直在使用AutoDockTools上的交互式过程来准备pdbqt ...2024-06-29 已阅读: n次
为什么python在使用AutoDockTools文件时给我一个模块错误?我正在使用AutoDockTools,我需要准备受体和配体进行对接。我想使用Utilities24文件夹中的AutoDockTools文件。但当我尝试通过windows命令行运行此脚本时,它给出了一个 ...2024-06-29 已阅读: n次
生成小配体的构象,但保持正确的芳香性我正在尝试生成一些小分子配体的构象,最终与它们对接。我使用RDkit的EmbedMultipleConfs函数生成构象。然而,当随后目视检查PyMol中的构象时,我注意到RDKit没有保留芳香部分的正 ...2024-06-29 已阅读: n次
如何使用Bio.PDB单独保存PDB文件中的每个配体?我有一个PDB文件列表。我想通过使用BioPython的Bio.PDB模块,提取所有文件(杂原子)的配体,并将每个配体分别保存到PDB文件中 我尝试了一些解决方案,比如:Remove heteroat ...2024-06-29 已阅读: n次
nanome-ligand-focus纳米-配体焦点 配体焦点允许用户在一次点击中突出显示配体及其结合位点。 安装 $ pip install nanome-ligand-focus 使用量 启动插件: $ nanome-ligand- ...2024-06-29 已阅读: n次
frag-pele 碎片贝利: 一种新的基于片段的hit-to-lead药物设计生长工具 安装 https://carlesperez94.github.io/frag_pele/installation.htm ...2024-06-29 已阅读: n次
nanome-docking纳米-对接 将配体与受体对接并以纳米形式显示结果的插件 安装 $ pip install nanome-docking 使用量 启动插件: $ nanome-docking smina -a plu ...2024-06-29 已阅读: n次
prolif 多产 蛋白质-配体相互作用指纹 :警告:此项目正在积极开发中,可能会发生重大更改。自担风险使用:警告: 说明 prolift是一个工具,用于生成相互作用指纹(ifp)和计算蛋白质-配体相互 ...2024-06-29 已阅读: n次
PROPKAPropka预测蛋白质中可电离基团的pka值(3.0版)和 基于三维结构的蛋白质-配体复合物(3.1版)。 对于没有配体的蛋白质,两个版本应该产生相同的结果。 这种方法在下面的文章中有描述,你应该引用 ...2024-06-29 已阅读: n次
FrAG 碎片贝利: 一种新的基于片段的hit-to-lead药物设计生长工具 安装 https://carlesperez94.github.io/frag_pele/installation.htm ...2024-06-29 已阅读: n次
LigParGen python脚本为有机分子和配体提供boss生成的opls-aa/cm1a(-lbcc)参数。 此包Python名称:LigParGen 目前版本: ...2024-06-29 已阅读: n次
screenlamp 基于配体的虚拟筛选工具包screenlamp 此包Python名称:screenlamp 目前版本: screenlamp 0.0.1dev0 ...2024-06-29 已阅读: n次