从Python子进程读取标准输出

Question

我试图捕获通过python启动的进程的输出，以用于日志记录。但出于某种原因，尽管我做了很多尝试，但似乎没有一个解决方案对这个特殊的案例有效。 有人能帮忙吗？ 我的代码如下所示：

cmd = 'cat input.fq | fastx_clipper -Q33 -a TGGAATTCTCGGGTGCC -l 5 -c -n -v | fastx_trimmer -Q33 -f 2 > ../results/trimmed.fq' 
p = Popen(cmd,shell=True,stdout = PIPE) 
for line in p.stdout:output.write(line)

Answer 1

> ...将命令的输出重定向到一个文件；因此，您将无法从命令获得任何输出。删除> ...部分：

cmd = 'cat input.fq | fastx_clipper -Q33 -a TGGAATTCTCGGGTGCC -l 5 -c -n -v | fastx_trimmer -Q33 -f 2'

Answer 2

> ../results/trimmed.fq确实会将命令的输出重定向到../results/已修剪.fq正如falsetru所说，所以您不应该期望在p.stdout中打印任何行。但是，如果在运行命令后该文件仍然是空的，我会怀疑有什么问题输入.fq或者将参数放入fastx\u clipper。你知道吗

另外，我只想指出，如果您想将输出写入文件并在终端中显示它，那么可以使用tee命令。它看起来是这样的：

'cat input.fq | fastx_clipper -Q33 -a TGGAATTCTCGGGTGCC -l 5 -c -n -v | fastx_trimmer -Q33 -f 2 | tee ../results/trimmed.fq'