我试图做这个循环,但我得到这个错误,有什么建议吗?你知道吗
for file in glob.glob("results/dir_bam/*_dedup.bam"):
f_name = file_name(file)
cmd = 'java -jar {} GenomeAnalysisTK ' \
'-T IndelRealigner ' \
'-R {} '\
'-I {} ' \
'-targetIntervals {} ' \
'-known 1000G_phase1. InDels .hg19. VCF ' \
'-known Mills_and_1000G_gold_standard. InDels .hg19. VCF '\
'-o aligned_reads.sorted.dedup.realigned. BAM' \
.format(picard, path_ref_gen, file,
'results/dir_bam/' + f_name + '.intervals',
'results/dir_bam/' + f_name + '_realigned.bam')
SyntaxError: unexpected EOF while parsing
我试过使用不同的标签和空格,但没有成功。问题来自.format部分。你知道吗
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