SyntaxError:使用.format和for循环进行分析时出现意外的EOF

2024-06-01 09:00:33 发布

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我试图做这个循环,但我得到这个错误,有什么建议吗?你知道吗

for file in glob.glob("results/dir_bam/*_dedup.bam"):
  f_name = file_name(file)
  cmd = 'java -jar {} GenomeAnalysisTK ' \
        '-T IndelRealigner ' \
        '-R {} '\
        '-I {} ' \
        '-targetIntervals {} ' \
        '-known 1000G_phase1. InDels .hg19. VCF ' \
        '-known Mills_and_1000G_gold_standard. InDels .hg19. VCF '\
        '-o aligned_reads.sorted.dedup.realigned. BAM' \
        .format(picard, path_ref_gen, file,
                'results/dir_bam/' + f_name + '.intervals', 
                'results/dir_bam/' + f_name + '_realigned.bam')

SyntaxError: unexpected EOF while parsing

我试过使用不同的标签和空格,但没有成功。问题来自.format部分。你知道吗


Tags: nameformat错误dirresults建议globfile