我有一个特定格式的二进制文件,为感兴趣的人描述了here。格式不是最重要的。我可以读取这些数据并将其转换为我想要的格式,但问题是这些二进制文件中往往包含大量信息。如果我只是返回读取的字节,这是非常快的(不到1秒),但我不能用这些字节做任何有用的事情,它们需要首先转换成基因型,这是代码,似乎是减慢事情。你知道吗
一系列字节到基因型的转换如下
h = ['%02x' % ord(b) for b in currBytes]
b = ''.join([bin(int(i, 16))[2:].zfill(8)[::-1] for i in h])[:nBits]
genotypes = [b[i:i+2] for i in range(0, len(b), 2)]
map = {'00': 0, '01': 1, '11': 2, '10': None}
return [map[i] for i in genotypes]
我所希望的是有一个更快的方法来做到这一点?有什么想法吗?下面是运行python -m cProfile test.py
的结果,其中测试.py正在调用我编写的读取器对象来读取这些文件。你知道吗
vlan1711:src davykavanagh$ python -m cProfile test.py
183, 593483, 108607389, 366, 368, 46
that took 93.6410450935
86649088 function calls in 96.396 seconds
Ordered by: standard name
ncalls tottime percall cumtime percall filename:lineno(function)
1 1.248 1.248 2.753 2.753 plinkReader.py:13(__init__)
1 0.000 0.000 0.000 0.000 plinkReader.py:47(plinkReader)
1 0.000 0.000 0.000 0.000 plinkReader.py:48(__init__)
1 0.000 0.000 0.000 0.000 plinkReader.py:5(<module>)
1 0.000 0.000 0.000 0.000 plinkReader.py:55(__iter__)
593484 77.634 0.000 91.477 0.000 plinkReader.py:58(next)
1 0.000 0.000 0.000 0.000 plinkReader.py:71(SNP)
593483 1.123 0.000 1.504 0.000 plinkReader.py:75(__init__)
1 0.000 0.000 0.000 0.000 plinkReader.py:8(plinkFiles)
1 0.000 0.000 0.000 0.000 plinkReader.py:85(Person)
183 0.000 0.000 0.001 0.000 plinkReader.py:89(__init__)
1 2.166 2.166 96.396 96.396 test.py:5(<module>)
27300218 5.909 0.000 5.909 0.000 {bin}
593483 0.080 0.000 0.080 0.000 {len}
1 0.000 0.000 0.000 0.000 {math.ceil}
1 0.000 0.000 0.000 0.000 {method 'disable' of '_lsprof.Profiler' objects}
2 0.000 0.000 0.000 0.000 {method 'format' of 'str' objects}
593483 0.531 0.000 0.531 0.000 {method 'join' of 'str' objects}
593485 0.588 0.000 0.588 0.000 {method 'read' of 'file' objects}
593666 0.257 0.000 0.257 0.000 {method 'rsplit' of 'str' objects}
593666 0.125 0.000 0.125 0.000 {method 'rstrip' of 'str' objects}
27300218 4.098 0.000 4.098 0.000 {method 'zfill' of 'str' objects}
3 0.000 0.000 0.000 0.000 {open}
27300218 1.820 0.000 1.820 0.000 {ord}
593483 0.817 0.000 0.817 0.000 {range}
2 0.000 0.000 0.000 0.000 {time.time}
通过创建不需要的列表和大字符串,您正在减慢速度。您只需检查字节的位并将两个位组转换为数字。可以更简单地实现,例如通过以下代码:
如果你最后真的需要一个
list
,只需使用但我猜在某些情况下,您可能只想对结果进行迭代:
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