在循环中，在每个循环的一行上打印列表中的每个元素

Question

我有这样一个文件：

1:200-320    ['gene_id "xyz";transcript_id "xyzt"; exon_number "1"\n', 'gene_id "xyz";transcript_id "xyzt2"; exon_number "2"\n']
1:3000-3200    ['gene_id "xyz";transcript_id "xy"; exon_number "2"\n']

太乱了，我想先整理一下。i、 e.取出成绩单id，将其写为成绩单id xyzt，xyzt2； 最后重复所有的术语。你知道吗

我的方法是首先使用replace删除所有凌乱的字符

out=open('foo.txt','w')
with open('in.txt', 'r') as f:
    for line in f:
        tidyline = line.replace('[', "").strip()
        tidyline = tidyline.replace(']', "").strip()
        tidyline = tidyline.replace('"', "").strip()
        tidyline = tidyline.replace("'", "").strip()
        tidyline = tidyline.replace(",", "").strip()
        out.write("%s\n" %tidyline)

然后使用re尝试匹配字符串并收回此信息。我可以这样做，只是不知道如何写一个文件，使他们在适当的行。你知道吗

import re

with open('foo.txt', 'r') as f:
    for line in f:
        result = re.findall('transcript_id\s(\w+)',line)    
        print result
['xyzt', 'xyzt2']
['xy']

我的想法是：

string= "transcript_id %s,%s" %(results[0], results[1])
file.write("%s\n" %string)

但是因为每一行的列表长度都不一样，所以这是行不通的。你知道吗

Answer 1

您可以将所有结果放在一个列表中，然后浏览：

transcript_id_list = []
with open('foo.txt', 'r') as f:
    for line in f:
        result = re.findall('transcript_id.*?(\w+)',line)
        if result:
            transcript_id_list.extend(result)

for item in transcript_id_list:
    string= "transcript_id %s" % item
    file.write("%s\n" % string)

Answer 2

最后一个问题（写可变长度的列表）可以用string的join方法解决。试试这个：

s = "transcript_id " + ",".join(results)

要保存文件操作，应将out文件的打开位置移到with语句，以避免保留未关闭的文件：

with open('in.txt', 'r') as f, open('foo.txt','w') as out:
    ...

你真的需要写foo.txt的中间步骤，还是这只是一个工作循环？你知道吗

我希望这有帮助。你知道吗