我正在使用基于区域的图像分割为此我需要将我的dicom文件转换为灰度,我在一个图像中执行它工作良好,但在多个图像中给我一个错误。你知道吗
def DicomtoRGB(dicomfile,bt,wt):
"""Create new image(numpy array) filled with certain color in RGB"""
# Create black blank image
image = np.zeros((dicomfile.shape[0], dicomfile.shape[1], 3), np.uint8)
#loops on image height and width
i=0
j=0
while i<dicomfile.shape[0]:
j=0
while j<dicomfile.shape[1]:
color = yaxpb(dicom_file.pixel_array[i][j],bt,wt) #linear transformation to be adapted
image[i][j] = (color,color,color)## same R,G, B value to obtain greyscale
j=j+1
i=i+1
return image
def yaxpb(pxvalue,bt,wt):
if pxvalue < bt:
y=0
elif pxvalue > wt:
y=255
else:
y=pxvalue*255/(wt-bt)-255*bt/(wt-bt)
return y
for filename in os.listdir(path):
dicom_file = os.path.join(path,filename)
exists = os.path.isfile(dicom_file)
print(filename)
ds = dicom.read_file(dicom_file)
dcm_sample=ds.pixel_array*128
print(type(dcm_sample))
image=DicomtoRGB(dcm_sample,bt=0,wt=1400)
print(type(image))
gray = cv2.cvtColor(image, cv2.COLOR_BGR2GRAY)
gray = rgb2gray(image)
plt.imshow(gray, cmap='gray')
这是我的错误
AttributeError Traceback (most recent call last)
<ipython-input-22-575cc8822b54> in <module>
7 print(type(dcm_sample))
8
----> 9 image=DicomtoRGB(dcm_sample,bt=0,wt=1400)
10 print(type(image))
11 gray = cv2.cvtColor(image, cv2.COLOR_BGR2GRAY)
<ipython-input-20-9c7a51460e87> in DicomtoRGB(dicomfile, bt, wt)
14 while j<dicomfile.shape[1]:
15 print(type(dicom_file))
---> 16 color = yaxpb(dicom_file.pxvalue[i][j],bt,wt) #linear transformation to be adapted
17 image[i][j] = (color,color,color)## same R,G, B value to obtain greyscale
18 j=j+1
AttributeError: 'str' object has no attribute 'pixel_array'
或者有人请参考我的任何链接,其中多个dicom图像转换成灰度。你知道吗
你的问题的最后一行意味着你很乐意考虑其他的可能性,所以我建议ImageMagick,它安装在大多数Linux发行版上,适用于macOS和Windows。你知道吗
因此,就在终端中,您可以将所有Dicom图像转换为灰度,并自动将亮度级别设置为全范围,另存为PNG格式,使用:
或者,如果要将它们保存为JPEG格式,请使用:
如果您使用的是旧版本的v6ImageMagick,请从上面显示的命令中省略
magick
。你知道吗这条线就是问题所在:
dicom_file
是从for
循环到文件的路径,而不是numpy数组。我想你想要的是dicomfile
而不是dicom_file.pixel_array
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