提取secondary strucutre数据从Swissprot特征元组Python

Question

我需要能够从Swissprot文件中确定蛋白质中特定位置的二级结构（如链、螺旋等）和结构域（如信号）。查看swissprot文件中的FT行后，结果如下：

RecName: Full=Insulin; Contains: RecName: Full=Insulin B chain; Contains: RecName: Full=Insulin A     chain; Flags: Precursor;
('SIGNAL', 1, 24, '{ECO:0000269|PubMed:14426955}.', '')
('PEPTIDE', 25, 54, 'Insulin B chain.', 'PRO_0000015819')
('PROPEP', 57, 87, 'C peptide.', 'PRO_0000015820')
('PEPTIDE', 90, 110, 'Insulin A chain.', 'PRO_0000015821')
('STRAND', 26, 29, '{ECO:0000244|PDB:4EFX}.', '')
('HELIX', 33, 43, '{ECO:0000244|PDB:3W7Y}.', '')
('HELIX', 44, 46, '{ECO:0000244|PDB:3W7Y}.', '')
('HELIX', 91, 97, '{ECO:0000244|PDB:3W7Y}.', '')
('STRAND', 98, 101, '{ECO:0000244|PDB:4EFX}.', '')
('HELIX', 102, 106, '{ECO:0000244|PDB:3W7Y}.', '')
('TURN', 107, 109, '{ECO:0000244|PDB:1HIQ}.', '')

这种格式把我搞糊涂了，我猜是嵌套元组。如果给定一个氨基酸的位置，例如45，我如何提取信息来确定它在螺旋中？你知道吗

到目前为止，我的代码是：

#!/usr/bin/env python

import time
import sys 
import os
from Bio import ExPASy 
from Bio import SwissProt 

# This section receives the parameters from user input via the website:
# This will be commented out during the development period and temp. 
# variables will be used.

# acc_number = sys.argv[1]
# wild_aa = sys.argv[2]
# position = sys.arg[3]
# mutant_aa = sys.arg[4]

#Temp variables for developing:

acc_number = 'P01308'
wild_aa = 'L'
position = '43'
mutant_aa = 'P'

handle = ExPASy.get_sprot_raw(acc_number)

# this reads the swissprot file:
record = SwissProt.read(handle)

# test to see if record has been retrieved:
print record.description

# next section will parse the sequence information using the position variable
# and then will determine the secondary structure and domain location of the mutation

# accessing the secondary structure and domain information from FT lines
for feature in record.features:
   print feature

我正在疯狂地阅读元组（已经尝试了将近一个星期了），并且认为我已经找到了如何从元组中提取信息的方法，这更像是一个将位置匹配到二级结构的案例。你知道吗

我希望我说得有道理， 盟友

Answer 1

您可以通过元组的索引访问元组中的项，因此特性开始是特性[1]，结束是特性[2]。要仅打印与您感兴趣的位置重叠的要素，可以使用以下方法：

if feature[1] <= position and feature[2] >= position:
    print feature

（请注意，这仅在位置为数字时有效。在代码中，它是一个字符串。您需要删除值周围的引号。）