未找到包：*.pxd文件的Cython Clevel接口

Question

简而言之

我尝试编译一个名为extension2的cython扩展，它从一个自建包中导入一个文件extension。在构建extension2时，我得到一个错误，即extension.pxd找不到，尽管这个文件正好位于指定的路径。你知道吗

细节

我正在构建两个涉及cython的包，一个包A和一个依赖于A的包B。A是命名空间包nsp的子包。也就是说，文件夹结构如下所示：

├── nsp
│   └── A
|       ├── extension.pxd
|       ├── extension.pyx
│       └── __init__.py
└── setup.py

这里setup.py的内容如下：

from setuptools import setup
from setuptools.extension import Extension

# factory function
def my_build_ext(pars):
    # import delayed:
    from setuptools.command.build_ext import build_ext as _build_ext

    # include_dirs adjusted: 
    class build_ext(_build_ext):
        def finalize_options(self):
            _build_ext.finalize_options(self)
            # Prevent numpy from thinking it is still in its setup process:
            __builtins__.__NUMPY_SETUP__ = False
            import numpy
            self.include_dirs.append(numpy.get_include())

    #object returned:
    return build_ext(pars)

extensions = [Extension(nsp.A.extension, ['nsp/A/extension.cpp'])]

setup(
    cmdclass={'build_ext' : my_build_ext},
    setup_requires=['numpy'],
    install_requires=['numpy'], 
    packages=['nsp.A'],
    ext_modules=extensions
    package_data={
        'nsp/A': ['*.pxd', '*.pyx']
    },
)

安装文件的灵感来自add-numpy-get-include-argument-to-setuptools-without-preinstalled-numpy和distributing-cython-modules。cython文件已经用另一个脚本成功地转换成.cpp文件。你知道吗

我用安装包A

pip install .

在setup.py的目录中。一切都按预期工作，我可以在...\Anaconda3\Lib\site-packages\nsp\A下找到包的所有文件，包括*.pxd文件。你知道吗

现在我试图为extension2创建一个*.cpp文件，以便稍后将其打包到第二个包B。文件extension2.pxd读取

from nsp.A.extension cimport mymethod

创建*.cpp文件的脚本读取

from distutils.core import setup, Extension
from Cython.Build import cythonize
import numpy as np
import sys
print(sys.executable)

NAME = 'extension2'
extensions = [Extension(NAME, [NAME+'.pyx'],
                        include_dirs=[np.get_include()]
                        )
              ]

setup(name=NAME,
      ext_modules = cythonize(extensions, language="c++", 
                              compiler_directives=compiler_directives),
      include_dirs=[np.get_include()]
      ) 

使用python myscript build_ext --inplace运行此脚本时，出现一个错误，表明pxd文件丢失：

from nsp.A.extension cimport mymethod
^
------------------------------------------------------------

.\extension2.pxd:11:0: 'nsp\A\extension.pxd' not found

但是，此文件确实存在。（sys.executable是包含已安装软件包的Anaconda3文件夹）如何解决问题？你知道吗

其他信息

我正在Windowsx64上使用Python3.7

Answer 1

Cython目前还不支持implicit namespace packages。也就是说，cython只搜索包含文件init.*的子目录，其中*可以是py、pyc、pyx和pxd中的任何内容。你知道吗

我已经创建了一个bugtracker report for this issue，以防您想进一步了解这个问题是否在更新的版本中得到了解决（我使用的是cython0.29.14）。你知道吗

在此之前，解决方法是在nsp文件夹中创建一个空文件__init__.pxd。python应该忽略这个文件，因为它不是*.py文件，让cython在子目录中搜索包。文件结构如下：

├── nsp
│   ├── __init__.pxd
│   └── A
|       ├── extension.pxd
|       ├── extension.pyx
│       └── __init__.py
└── setup.py

要在命名空间包中安装附加文件__init__.pxd，请将setup(...)的packages参数更改为packages=['nsp', 'nsp.A']，package_data参数更改为package_data={'': ['*.pxd', '*.pyx']}。你知道吗

编辑：

cython开发人员已经知道这个bug，将在版本3中修复。见Fix for cimport from PEP420 namespace。你知道吗