将数据帧中的列转换为矩阵Aij

Question

我在努力解决一个问题。你知道吗

我有下面的数据集，我试着从Atom\u combine列创建一个矩阵，比如：

____|N16|CA16|C16| ... |C18|O18|N19
N16
CA16
C16
...
C18
O18
N19_______________________________

请给我一个例子或说明我应该从哪里开始？你知道吗

每个交点最终将是每个原子之间的距离（距离=sqrt（（x1-x2）^2+（y1-y2）^2+（z1-z2）^2））。你知道吗

我设法完成了距离的概念证明计算，但找不到创建矩阵的方法。。。你知道吗

Answer 1

我想您可以使用cdist来查找距离矩阵（数组）。你知道吗

from scipy.spatial.distance import cdist
import numpy as np

X = np.array([[0, 1, 0], [1, 0, 1], [2, 1, 2]])
D = cdist(X, X, metric='euclidean') # your distance matrix

例如，数组X是X = np.array(df[['x_coord', 'y_coord', 'z_coord']])，其中df是数据帧。您可以使用Atom_combine作为对应的索引和列转换为dataframe

Df = pd.DataFrame(D, index=list(df['Atom_combine']), columns=list(df['Atom_combine']))