在三个不同的框架下阅读

Question

所以我尝试创建一个类，它在三个不同的帧中读取DNA字符串-一个从位置0（或第一个碱基）开始，另一个从位置1（第二个碱基）开始，第三个从位置2（第三个碱基）开始读取。到目前为止，这就是我一直在玩的东西：

def codons(self, frame_one, frame_two, frame_three):
        start = frame_one
        while start + 3 <=len(self.seq):
            yield (self.seq[start:start+3], start)
            start += 3

        start+1 = frame_two
        while start + 3 <=len(self.seq):
            yield (self.seq[start+1:start+4], start)
            start += 3

        start+2 = frame_three
        while start + 3 <=len(self.seq):
            yield (self.seq[start+2:start+5], start)
            start += 3

我认为这是胡说八道，但我已经尽力了。如果有人能给我一个想法，我可以开始纠正在这节课上，那将是伟大的。你知道吗

Answer 1

首先，不能赋值和命名变量，如start+1、start+2等。下一步，因为它与生物信息学有关，你可以将你的问题标记为生物信息学。而且，你把很多东西重复了三遍，这对一个程序员来说太糟糕了。但是，您可以尝试使用以下代码段：

class Codons(object):

        def __init__(self, seq):
                self.seq = seq

        def codons(self, frame_one, frame_two, frame_three):

                while frame_one <=len(self.seq):
                    yield (self.seq[frame_one:frame_one+3])
                    frame_one += 3

                while frame_two <=len(self.seq):
                    yield (self.seq[frame_two:frame_two+3])
                    frame_two += 3

                while frame_three <=len(self.seq):
                    yield (self.seq[frame_three:frame_three+3])
                    frame_three += 3


test_codons = Codons("ATCGTG-")

val = test_codons.codons(0,1,2)

print("Codons are: ")
for i in val:
        print(i)

print("")

让我们知道它是否对你有用。干杯！！你知道吗