如何修改GenBank记录的顺序？

Question

我想做的是把GenBank记录的所有非推定序列用小写字母写在基因组文件中。你知道吗

到目前为止，我成功地获得了gbk中蛋白质的起始和终止位置。 从那里我做了以下工作：

start = feature.location.nofuzzy_start
end = feature.location.nofuzzy_end
gb_record.seq[start:end]

现在我知道了序列在基因组中的起始和终止位置。但是我该如何修改基因组文件呢？gb_record.seq[start:end].lower()或类似的东西并没有起作用。你知道吗

当我分配gb_record.seq = gb_record.seq[start:end].lower时，当我替换基因组文件时，它显然出错了。有什么想法吗？你知道吗

Answer 1

Bio.Seq.Seq对象有一个^{}方法，该方法将执行您所要查找的操作。你知道吗

根据你的代码，你会得到：

seq_lower = gb_record.seq.lower()

然后您应该能够使用SeqIO模块将小写序列写入文件。你知道吗

from Bio import SeqIO

with open("example.fasta", 'w') as handle:
    SeqIO.write(lower_records, handle, 'fasta')