我试图编织一个Rmd文件使用网状和Python内的virtualenv。 下面是我的R设置块:
```{r r-setup}
library(reticulate)
venv_path <- "/path/to/venv/"
use_virtualenv(venv_path, required = TRUE)
```
这和预期的一样。但是,当我尝试导入geopanda时,下一步将中断:
```{python}
import geopandas as gpd
```
回溯如下:
Error in py_module_import... OSError: Could not find lib c or load any variants...
回溯错误指向shapely包from shapely.geometry import shape, Point File
。其他Python库在块中加载时没有问题,例如import os
。你知道吗
从这些消息中,我猜它没有加载OGR/GDAL绑定。但是,我不知道如何解决这个问题。你知道吗
import geopandas
当我运行笔记本内部的块时,运行没有错误,例如没有编织。它也在我的项目的repl_python()
shell中工作。因此,问题似乎主要是针织和针织。你知道吗
我的RStudio版本是:1.1.456。你知道吗
session\u info()的输出为:
sessionInfo()
R version 3.5.1 (2018-07-02)
Platform: x86_64-apple-darwin17.6.0 (64-bit)
Running under: macOS High Sierra 10.13.6
Matrix products: default
BLAS: /System/Library/Frameworks/Accelerate.framework/Versions/A/Frameworks/vecLib.framework/Versions/A/libBLAS.dylib
LAPACK: /System/Library/Frameworks/Accelerate.framework/Versions/A/Frameworks/vecLib.framework/Versions/A/libLAPACK.dylib
locale:
[1] en_NZ.UTF-8/en_NZ.UTF-8/en_NZ.UTF-8/C/en_NZ.UTF-8/en_NZ.UTF-8
attached base packages:
[1] stats graphics grDevices utils datasets methods base
other attached packages:
[1] reticulate_1.10 stringr_1.3.1 dplyr_0.7.6 ggplot2_3.0.0
loaded via a namespace (and not attached):
[1] Rcpp_0.12.18 pillar_1.3.0 compiler_3.5.1 plyr_1.8.4
[5] bindr_0.1.1 tools_3.5.1 digest_0.6.17 packrat_0.4.9-3
[9] jsonlite_1.5 evaluate_0.11 tibble_1.4.2 gtable_0.2.0
[13] lattice_0.20-35 pkgconfig_2.0.2 rlang_0.2.2 Matrix_1.2-14
[17] yaml_2.2.0 bindrcpp_0.2.2 withr_2.1.2 knitr_1.20
[21] rprojroot_1.3-2 grid_3.5.1 tidyselect_0.2.4 glue_1.3.0
[25] R6_2.2.2 rmarkdown_1.10 purrr_0.2.5 magrittr_1.5
[29] scales_1.0.0 backports_1.1.2 htmltools_0.3.6 assertthat_0.2.0
[33] colorspace_1.3-2 stringi_1.2.4 lazyeval_0.2.1 munsell_0.5.0
[37] crayon_1.3.4
我通过删除指向brew安装的R库的“DYLD\u FALLBACK\u LIBRARY\u PATH”来解决这个问题。 解决方案位于python块中,如下所示:
我不确定这是否是最干净的解决方案,但它是有效的。也不确定这是否只是macosx的问题。你知道吗
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