SingularityContainer+Python+PyTorch：为什么“import torch”在Arch Linux主机上工作，但在Centos 7主机上却失败了？

Question

我试图构建一个singularity容器，在基于centos7的集群上运行Python脚本。 容器在我的主机上按预期运行，我也使用它来创建容器，但是一旦导入PyTorch，它就会在集群上失败。你知道吗

这个问题可以通过从这个最小定义文件生成的容器来重现：

调试.def：

Bootstrap: arch

%runscript
    exec /usr/bin/python3 -c 'import torch; print(torch.__version__)'

%post
    #--------------------------------------------------------------------------
    # Basic setup from
    # https://github.com/sylabs/singularity/blob/master/examples/arch/Singularity
    #--------------------------------------------------------------------------
    # Set time zone. Use whatever you prefer instead of UTC.
    ln -s /usr/share/zoneinfo/Europe/Berlin /etc/localtime

    # Set the package mirror server(s). This is only for the output image's
    # mirrorlist. `pacstrap' can only use your hosts's package mirrors.
    echo 'Server = https://mirrors.kernel.org/archlinux/$repo/os/$arch' > /etc/pacman.d/mirrorlist

    pacman -Sy --noconfirm gawk sed grep

    # Set locale. Use whatever you prefer instead of en_US.
    echo 'en_US.UTF-8 UTF-8' > /etc/locale.gen
    locale-gen
    echo 'LANG=en_US.UTF-8' > /etc/locale.conf

    pacman -S --noconfirm python python-pytorch

    pacman -S --noconfirm pacman-contrib
    paccache -r -k0

它是用sudo singularity build debug.sif debug.def构建的。 容器和主机都运行在Arch Linux上。你知道吗

在我的主机上执行容器将输出PyTorch版本：

schellsn@host $ singularity run debug.sif
1.3.1

在群集上运行它会导致以下错误：

schellsn@cluster tmp$ singularity run debug.sif
Traceback (most recent call last):
  File "<string>", line 1, in <module>
  File "/usr/lib/python3.8/site-packages/torch/__init__.py", line 81, in <module>
    from torch._C import *
ImportError: libQt5Core.so.5: cannot open shared object file: No such file or directory

我不明白为什么找不到该文件，因为它应该包含在容器中：

schellsn@cluster tmp$ singularity shell debug.sif 
Singularity debug.sif:~/tmp> ls -l /usr/lib | grep libQt5Core
-rw-r--r--  1 root root      1166 Nov 11 23:40 libQt5Core.prl
lrwxrwxrwx  1 root root        20 Nov 11 23:40 libQt5Core.so -> libQt5Core.so.5.13.2
lrwxrwxrwx  1 root root        20 Nov 11 23:40 libQt5Core.so.5 -> libQt5Core.so.5.13.2
lrwxrwxrwx  1 root root        20 Nov 11 23:40 libQt5Core.so.5.13 -> libQt5Core.so.5.13.2
-rwxr-xr-x  1 root root   5275240 Nov 11 23:40 libQt5Core.so.5.13.2

我假设导入时搜索中不包含相应的路径，并且由于某些环境设置正在泄漏到容器中，所以在我的主机上不会出现此问题。 我也尝试过使用Sylabs远程构建器，但它似乎无法构建Arch容器（pacstrap未在$PATH中找到）。 尝试在其中一个节点上构建容器会导致相同的问题；Pacstrap和pacman不可用。你知道吗

我已经不知所措了，如果能给我任何解释这种行为的暗示，我将不胜感激！ 为什么找不到共享库？如何修复？你知道吗

更新#1:

下面是LD\u LIBRARY\u PATH环境变量的内容（响应@tsnowlan）。你知道吗

Arch Linux主机：

schellsn@host tmp$ echo $LD_LIBRARY_PATH
:/usr/local/cuda/lib:/usr/local/cuda/lib64:/usr/local/cuda/lib:/usr/local/cuda/lib64
schellsn@host tmp$ singularity shell evpt_debug.sif
Singularity evpt_debug.sif: ~/tmp> echo $LD_LIBRARY_PATH
:/usr/local/cuda/lib:/usr/local/cuda/lib64:/usr/local/cuda/lib:/usr/local/cuda/lib64:/.singularity.d/libs

CentOS 7群集节点：

schellsn@cluster tmp$ echo $LD_LIBRARY_PATH
schellsn@cluster tmp$ singularity shell debug.sif 
Singularity debug.sif:~/tmp> echo $LD_LIBRARY_PATH
/.singularity.d/libs

更新#2:

我确实设置了一个新的干净的VM（也运行arch），它还可以在那里创建和重建容器。此容器显示了相同的问题；它在我的主机上运行，但在CentOS 7群集上不运行。你知道吗

Answer 1

作为一种解决方法，我现在从一个def文件构建容器，该文件使用带有ubuntu18.04映像的library bootstrap代理，而不是Arch bootstrap代理。 生成的容器在我的Arch主机和centos7集群上运行。你知道吗