NetworkX-spring图中节点子集的定位

Question

使用Python中的Networkx，我试图想象不同的电影评论家对某些制作公司的偏见。为了在图表中显示这一点，我的想法是将每个制作公司节点的位置固定到一个圆圈中的单个位置，然后使用spring_布局算法来定位剩余的影评节点，这样就可以很容易地看到一些影评人是如何更倾向于某些制作公司的。

我的问题是，我似乎无法确定生产公司节点的初始位置。当然，我可以确定他们的位置，但那只是随机的，我不想那样-我希望他们围成一个圈。我可以计算所有节点的位置，然后设置生产公司节点的位置，但这比使用spring_布局算法的目的要好，我最终得到了一些古怪的结果，比如：

你有什么想法吗？

当前我的代码执行以下操作：

def get_coordinates_in_circle(n):
    return_list = []
    for i in range(n):
        theta = float(i)/n*2*3.141592654
        x = np.cos(theta)
        y = np.sin(theta)
        return_list.append((x,y))
    return return_list

G_pc = nx.Graph()
G_pc.add_edges_from(edges_2212)

fixed_nodes = []
for n in G_pc.nodes():
    if n in production_companies:
        fixed_nodes.append(n)

pos = nx.spring_layout(G_pc,fixed=fixed_nodes)

circular_positions = get_coordinates_in_circle(len(dps_2211))
i = 0
for p in pos.keys():
    if p in production_companies:
        pos[p] = circular_positions[i]
        i += 1

colors = get_node_colors(G_pc, "gender")

nx.draw_networkx_nodes(G_pc, pos, cmap=plt.get_cmap('jet'), node_color=colors, node_size=50, alpha=0.5)
nx.draw_networkx_edges(G_pc,pos, alpha=0.01)
plt.show()

Answer 1

创建一个图形并设置几个位置：

import networkx as nx
G=nx.Graph()
G.add_edges_from([(1,2),(2,3),(3,1),(1,4)]) #define G
fixed_positions = {1:(0,0),2:(-1,2)}#dict with two of the positions set
fixed_nodes = fixed_positions.keys()
pos = nx.spring_layout(G,pos=fixed_positions, fixed = fixed_nodes)
nx.draw_networkx(G,pos)

您的问题似乎是在设置固定节点的位置之前计算所有节点的位置。

为固定节点设置pos[p]后将pos = nx.spring_layout(G_pc,fixed=fixed_nodes)移动到，并将其更改为pos = nx.spring_layout(G_pc,pos=pos,fixed=fixed_nodes)

dictpos存储每个节点的坐标。你应该看看the documentation。尤其是

pos : dict or None optional (default=None). Initial positions for nodes as a dictionary with node as keys and values as a list or tuple. If None, then nuse random initial positions.

fixed : list or None optional (default=None). Nodes to keep fixed at initial position. list or None optional (default=None)

你告诉它把这些节点固定在初始位置，但是你没有告诉他们初始位置应该是什么。所以我相信它需要对初始位置进行随机猜测，并保持不变。但是，当我测试这个时，似乎遇到了一个错误。如果我告诉networkx（我的版本）将节点固定在[1,2]中，但我不告诉它它们的位置是什么，那么我会得到一个错误（在这个答案的底部）。所以我很惊讶你的代码在运行。

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对于使用列表理解对代码进行的其他一些改进：

def get_coordinates_in_circle(n):
    thetas = [2*np.pi*(float(i)/n) for i in range(n)]
    returnlist = [(np.cos(theta),np.sin(theta)) for theta in thetas]
    return return_list

G_pc = nx.Graph()
G_pc.add_edges_from(edges_2212)
circular_positions = get_coordinates_in_circle(len(dps_2211))
#it's not clear to me why you don't define circular_positions after
#fixed_nodes with len(fixed_nodes) so that they are guaranteed to 
#be evenly spaced.

fixed_nodes = [n for n in G_pc.nodes() if n in production_companies]

pos = {}
for i,p in enumerate(fixed_nodes):
    pos[p] = circular_positions[i]

colors = get_node_colors(G_pc, "gender")
pos = nx.spring_layout(G_pc,pos=pos, fixed=fixed_nodes)
nx.draw_networkx_nodes(G_pc, pos, cmap=plt.get_cmap('jet'), node_color=colors, node_size=50, alpha=0.5)
nx.draw_networkx_edges(G_pc,pos, alpha=0.01)
plt.show()

---

这是我看到的错误：

import networkx as nx
G=nx.Graph()
G.add_edge(1,2)
pos = nx.spring_layout(G, fixed=[1,2])

---------------------------------------------------------------------------
UnboundLocalError                         Traceback (most recent call last)
<ipython-input-4-e9586af20cc2> in <module>()
----> 1 pos = nx.spring_layout(G, fixed=[1,2])

.../networkx/drawing/layout.pyc in fruchterman_reingold_layout(G, dim, k, pos, fixed, iterations, weight, scale)
    253            # We must adjust k by domain size for layouts that are not near 1x1
    254            nnodes,_ = A.shape
--> 255            k=dom_size/np.sqrt(nnodes)
    256         pos=_fruchterman_reingold(A,dim,k,pos_arr,fixed,iterations)
    257     if fixed is None:

UnboundLocalError: local variable 'dom_size' referenced before assignment