将R转换为ryp2

Question

我试图在python脚本中运行一些R代码。要做到这一点，我使用rpy2，但有困难（也可以只调用R脚本，但我也不能让它工作）。下面是R脚本代码，它完成了我希望它执行的操作：

library(ggplot2)
setwd("/dir/")
allelefreqshort <- read.table("allelefreqsshort.txt", header = TRUE)
hist(log10(allelefreqshort$AlleleFreq), xlim = c(-15,0), breaks=20)

这是我的rpy2代码，它绘制的数据，但不是log10，而且x轴太小。你知道吗

import rpy2.robjects as ro
from rpy2.robjects.packages import importr
r = ro.r
outputDir = '/dir'
r.setwd(outputDir)
f = r('read.table("allelefreqs.txt", header = FALSE)')
grdevices = importr('grDevices')
grdevices.png(file="alleleFreq.png", width=800, height=500)
r.hist(f[0], breaks=100, main = '5 Reads', xlab='Variant Freq', ylab='# Vars', log10='x')
grdevices.dev_off()

Answer 1

您可以保持R命令几乎完好无损，但是在Python之间处理对象的方式不同。考虑以下rpy2和Rscript命令行解决方案：

RPY2

import os
import rpy2
import rpy2.robjects as ro
from rpy2.robjects.packages import importr

# CURRENT DIRECTORY OF SCRIPT
cd = os.path.dirname(os.path.abspath(__file__))

# READ IN DATA
allelefreqshort_py = ro.r['read.table'](os.path.join(cd, "allelefreqs.txt"), header=False)

# PASSING PYTHON DF TO R DF
ro.globalenv['allelefreqshort'] = allelefreqshort_py

# OUTPUT PLOT
grdevices = importr('grDevices')
grdevices.png(file="alleleFreq.png", width=800, height=500)
p = ro.r('hist(log10(allelefreqshort$AlleleFreq), xlim = c(-15,0), breaks=20)')
grdevices.dev_off()

RScript

或者，您可以运行子进程，并使用R的自动可执行文件RScript.exe通过命令行调用R脚本。您甚至可以将参数传递到R脚本中，以便R与commandArgs()一起使用。你知道吗

import subprocess

# CURRENT DIRECTORY OF SCRIPT (ASSUMING R SCRIPT IN SAME DIRECTORY)
cd = os.path.dirname(os.path.abspath(__file__))

# COMMAND LINE ARGUMENTS (IF RSCRIPT.EXE IS PATH VARIABLE, LEAVE OUT DIRECTORY)
cmd = ["path/to/RScript", os.path.join(cd, "HistPlotScriptName.R")]

# SUBPROCESS CALL
a = subprocess.Popen(cmd, shell=True, stdin=subprocess.PIPE,
                     stdout=subprocess.PIPE, stderr=subprocess.PIPE)
output,error = a.communicate()

# R CONSOLE OUTPUT PRINTED TO PYTHON CONSOLE
if a.returncode == 0:               # SUBPROCESS SUCCESSFUL
    print(output.decode("utf-8"))
else:                               # SUBPROCESS FAILED
    print(error.decode("utf-8"))

Answer 2

这里f是一个R数据帧，它本质上意味着一个R列表，其中所有元素都是R向量（每个元素都是表中的一个“列”），所有这些向量都具有相同的长度。你知道吗

执行f[0]将返回一个长度为1的列表，因为这就是R将要做的事情（R有[和[[到目前为止，我还不确定Python端的[是否应该像R的[或[[那样工作，但对于另一个线程来说是这样的）。f.rx2(1)将返回所需的内容（请参阅http://rpy2.readthedocs.org/en/version_2.7.x/vector.html#extracting-elements处rpy2和数据帧的文档，请注意R序列是1偏移量，而Python向量是0偏移量）。你知道吗