罗莎琳德:REVP在给定的cas失败

2024-09-29 06:30:54 发布

您现在位置:Python中文网/ 问答频道 /正文

我写了一个解决方案。它成功地处理了给定的示例案例,但没有处理实际案例。你知道吗

挑战: 如果一个DNA字符串等于它的反向补码,它就是一个反向回文。例如,GCATGC是一个反向回文,因为它的反向补码是GCATGC。例如:

5'...GCATGC...3'

3'...CGTACG...5'

给出:

^{2}$

退货:

The position and length of every reverse palindrome in the string having length between 4 and 12. You may return these pairs in any order.

样本数据集

>Rosalind_24 TCAATGCATGCGGGTCTATATGCAT

样本输出

4 6

5 4

6 6

7 4

17 4

18 4

20 6

21 4

对于样本,它是有效的。但是它在实际样品上失败了。你知道吗

实际数据集:

>Rosalind_7901 ATATAGTCGGCTGTCCAGGCAATCGCGAGATGGGGAACGACATCTTGGTACTTTACGGAT GCCAAGACTTAATATCTGGCCCGGATATGACCGCGAGCACCCCCTACTCGTCTGTCGGTT TCGGCCGGCATGACCTGTCCTCTTGATAATAGATATAAGTTGCCAACCGCACTATTTCAA GATCAGATGCCCCAAGGCACAAGGCACAGAAGAATCAGGTACTGAGCAAACAGCGCCCAT TTGTCAGCGCAACTCCGAGCGACAGGCACAAGTGGTAGTAACATCTGTAGTCTACGAGCG CGGGACCGATGTAAAAAGCAACGAGAGACGGGGCCGTCGATAGAAAAGCAATGGAGTCCA TATGGGCACGCTGAGCGTGCCTGTACTAATTTCTATGGGCTACTGGCACTAGGGGCTTAA GCCCTCGGTTACCGCGCTTTATGAATATAGTTTTCGTGCCAGGAGTGTCTTGTTTCGAGG AAGCGTGAGCTACACTTAGCACGTCCGGGCTTATTGGAAATTTGTTCAGTCTGTATGCTC CGCAATATCATGTCGGCGCTCATTCAATGTTGCGTGTAATTTAGACCTCTACTACAGCTG GGGTTGGAGCGGTCGGTAGTAAGACGTATGATTACGGTTTACATCCCGCCGGCGGACACG GAACGTGATTTTCAGCATTGTCCCATCGTAGGGATTGGGGCCCTAGTAGGTGTGGGTAGC ACGTTACATGAAGCTATCCAATGGCGTATATACTCCATCCCATCGGACTAGAAGATTTGA GGGACCCAGTCATAACTGGTGCAAAATTACGTTACAAAAGCCGAGGATACAGTATA

实际输出:

1 4 2 4 23 6 24 4 48 4 70 4 73 4 79 4 82 4 86 4 93 4 124 6 125 4 126 6 127 4 131 4 155 4 156 4 184 4 222 4 236 4 251 4 337 4 342 4 389 4 394 4 415 4 423 4 440 4 441 4 452 4 453 4 482 4 496 4 509 4 513 4 526 6 527 4 554 4 558 4 565 4 587 4 604 6 605 4 634 4 656 10 657 8 658 6 659 4 674 4 709 6 710 4 714 4 733 4 739 4 744 4 758 8 759 4 759 6 760 4 761 4 780 4 813 4 818 4 822 4 846 4

代码:

from string import maketrans
table=maketrans('ATCG','TAGC')

protein=open('rosalind_revp.txt','r').read()[14::].strip()

for i in range(len(protein)):
    for ii in range(2,7):
        if protein[i:i+ii]==protein[i+2*ii-1:i+ii-1:-1].translate(table):
            print str(i+1),str(2*ii)

(测试样品时,第4行为

protein=open('rosalind_revp.txt','r').read()[12::].strip()

我甚至手动匹配了一堆位置长度对,遗憾的是发现它们都工作得很完美。我还是不知道为什么结果不被接受。 有人能告诉我哪里错了吗?你知道吗


Tags: and数据instringtable样品length案例