读取R函数输出作为列

Question

我想想出一个办法来解决我昨天问的这个问题：

rpy2 fails to import 'rgl' R package

我的目标是检查某些包是否安装在R内python内。在

按照Dirk Eddelbuettel在对his answer的评论中给出的建议，我使用installed.packages()函数来列出所有可用的包。在

到目前为止我得到的是：

from rpy2.rinterface import RRuntimeError
from rpy2.robjects.packages import importr
utils = importr('utils')

def importr_tryhard(packname, contriburl):
    try:
        rpack = utils.installed_packages()
    except RRuntimeError:
        rpack = []
    return rpack

contriburl = 'http://cran.stat.ucla.edu/'
rpack = importr_tryhard(packname, contriburl)
print rpack

它将返回一个相当大的表单输出：

^{pr2}$

我只需要提取安装的包的名称，所以第一列或第二列就足够了。在

我尝试过使用np.loadtxt()、np.genfromtxt()和with open(rpack) as csvfile:，但是没有一个能够返回列或行被正确分隔的列表/数组（它们实际上都失败了，错误不同）。在

如何以列的形式读取这个输出，或者更确切地说，在列表/数组中提取已安装包的名称？在

Answer 1

在您的例子中，rpack是一个rpy2.robjects.vectors.Matrix对象。因此，您只需使用rpy2类方法.rx()来提取列：

mylist = list(rpack.rx(True, 1))

试试看。在

Answer 2

我以前没有使用过r2py，但它看起来像是某种r2py对象，而且它可能有一个选项来只抓取第一列。在

不过，您可以像文本文件一样解析它；当您调用print XXX时，它会获取对象的字符串表示形式。在

尝试这样做：

s = str(rpack)
packages = [line.split()[0] for line in s.split("\n")[1:]]

您应该同时尝试str和repr方法来获得字符串表示，但是有些人不会同时使用这两种方法，或者使用它们的方式不同。在

不过，这并不是最干净的方法，您必须确保正确地解析数据。尝试打印dir(rpack)，看看是否有任何属性听起来像是包含了您想要的内容。在

稍微挖掘一下，安装的软件包文档，以及快速浏览一下R教程，就可以这样做：

^{pr2}$