从Matlab调用的Python子进程失败

Question

我遇到了一个问题，试图加入一些来自不同来源的Matlab代码，我真的不知道如何处理它。本质上，我有一些Python代码，用于从命令行调用的压缩算法，它本身使用子进程来运行并与编译成二进制的C++代码通信。在

Python中的函数（它是更大对象的一部分）如下所示：

def __extractRepeats(self, repeatClass):
    process = subprocess.Popen(["./repeats1/repeats11", "-i", "-r"+repeatClass, "-n2", "-psol"],stdout=subprocess.PIPE, stdin=subprocess.PIPE, stderr=subprocess.STDOUT)
    process.stdin.write(' '.join(map(str,self.__concatenatedDAG)))
    text_file = ''
    while process.poll() is None:
        output = process.communicate()[0].rstrip()
        text_file += output
    process.wait()
    repeats=[]
    firstLine = False
    for line in text_file.splitlines():
        if firstLine == False:
            firstLine = True
            continue
        repeats.append(line.rstrip('\n'))
    return repeats

通过将所有组件与Matlab进行集成，我决定通过将所有组件集成到一起来间接地减少系统的问题

^{pr2}$

其中temp_脚本是可执行的，如下所示：

cd /home/ben/Documents/MATLAB/StructureDiscovery/+sd/Lexis
python Lexis.py -f i /home/ben/Documents/MATLAB/StructureDiscovery/+sd/Lexis/aabb.txt >> /home/ben/Documents/MATLAB/StructureDiscovery/+sd/Lexis/lexis_results.txt

现在我在Ubuntu16.04中运行这个，在这里从终端运行脚本。但是，从Matlab运行相同的脚本会给我错误

    Traceback (most recent call last):
  File "Lexis.py", line 762, in <module>
    g.GLexis(quietLog, rFlag, functionFlag, costWeight)
  File "Lexis.py", line 191, in GLexis
    (maximumRepeatGainValue, selectedRepeatOccs) = self.__retreiveMaximumGainRepeat(normalRepeatType, CostFunction.EdgeCost)
  File "Lexis.py", line 242, in __retreiveMaximumGainRepeat
    repeats = self.__extractRepeats(repeatClass)
  File "Lexis.py", line 302, in __extractRepeats
    process.stdin.write(' '.join(map(str,self.__concatenatedDAG)))
IOError: [Errno 32] Broken pipe

或者错误

  File "Lexis.py", line 251, in __retreiveMaximumGainRepeat
    idx = map(int,repeatStats[2][1:-1].split(','))[0]
ValueError: invalid literal for int() with base 10: 'ersio'

我还不知道我什么时候得到的。在

repeatStats的相关片段是

    repeats = self.__extractRepeats(repeatClass)
    for r in repeats: #Extracting maximum repeat
        repeatStats = r.split()
        idx = map(int,repeatStats[2][1:-1].split(','))[0]

我真的不知道Matlab通过系统调用某个东西和直接从终端调用有什么不同，所以我不知道出了什么问题。在OSX10.11上，完全相同的代码可以工作。在

有人知道Matlab系统命令的内部工作原理吗？为什么它不能允许Python调用一个子进程？在

任何帮助都将不胜感激！在

Answer 1

repeats = self.__extractRepeats(repeatClass)
for r in repeats: #Extracting maximum repeat
    repeatStats = r.split()
    idx = map(int,repeatStats[2][1:-1].split(','))[0]

假设你的repeatStats[2]是xersiox，10

然后repeatStats[2][1:-1]变成ersiox，1

然后repeatStats[2][1:-1].split（'，'）会产生一个列表['ersio'，'1']

正如您已经将整个列表传递给整个语句

^{pr2}$

请尝试以下操作：

idx = map(int,repeatStats[2][1:-1].split(',')[1])[0]
# or provide an index of the item in the list, which has a number in it.