pythonw子进程无法调用python的其他版本

Question

在开始之前，请注意我的环境：通过miniconda、macos10.13.3安装的python2.7.14。在

问题

我试图用python编写一个数据处理管道（称之为analyze.py），它调用几个不同的程序。其中一个程序，EMAN2使用自己的python环境来运行（例如，~/EMAN2/bin/python）。在命令行中，对eman2的调用可能如下所示：

~/EMAN2/bin/e2buildstacks.py <args>

其中，e2buildstacks.py在文件顶部使用标准的#!/Users/<username>/EMAN2/bin/python类型公式指定自己的python环境（注意，有许多不同的.py文件要运行，我只是用一个名称作为示例）。在

在python中，我使用子流程.Popen这些电话的建设。一个非常简单的例子是：

^{pr2}$

为了简单起见，我替换了实际的参数和用户名。在

如果这就是我所做的一切，那就很好了。我可以从命令行运行python analyze.py，它可以毫无问题地运行EMAN2。在

然而，这个管道正在被一个GUI（基于wxpython）包装起来。所以我必须使用pythonw来运行我的程序。当我试图做到：

pythonw analyze.py

它无法正确运行EMAN2脚本，我得到一个错误：

Traceback (most recent call last):
  File "/Users/<username>/EMAN2/bin/e2buildstacks.py", line 34, in <module>
    from EMAN2 import *
ImportError: No module named EMAN2

这表示它使用miniconda python而不是~/EMAN2/bin/python来运行脚本。在

（注意：如果有人使用EMAN2，我可以为您提供完整的参数列表和输入文件。但请放心，这不是问题所在，我可以从命令行运行我正在使用的命令）

我尝试过的

我尝试了几种不同的方法来解决这个问题。最简单的方法是指定要在命令中使用的python：

import subprocess
stacks_cmd = '/Users/<username>/EMAN2/bin/python /Users/<username>/EMAN2/bin/e2buildstacks.py <args>'
process = subprocess.Popen(stacks_cmd, shell=True, stdout=subprocess.PIPE)
stacks_output, stacks_error = process.communicate()

那不起作用，而且失败了，因为同样的错误。在

我试过在shell=False模式下使用Popen

import subprocess
stacks_cmd = ['/Users/<username>/EMAN2/bin/python', '/Users/<username>/EMAN2/bin/e2buildstacks.py', <args>]
process = subprocess.Popen(stacks_cmd, shell=False, stdout=subprocess.PIPE)
stacks_output, stacks_error = process.communicate()

或者

import subprocess
stacks_cmd = ['/Users/<username>/EMAN2/bin/e2buildstacks.py', <args>]
process = subprocess.Popen(stacks_cmd, shell=False, stdout=subprocess.PIPE)
stacks_output, stacks_error = process.communicate()

这两个错误都是相同的。在

我尝试指定可执行文件：

import subprocess
stacks_cmd = ['/Users/<username>/EMAN2/bin/e2buildstacks.py', <args>]
process = subprocess.Popen(stacks_cmd, shell=False, stdout=subprocess.PIPE, executable='/Users/<username>/EMAN2/bin/python')
stacks_output, stacks_error = process.communicate()

这个错误是不同的：

Unknown option: --
usage: /Users/<username>/EMAN2/bin/e2buildstacks.py [option] ... [-c cmd | -m mod | file | -] [arg] ...
Try `python -h' for more information.

这让我认为，不知何故，这些参数并没有正确传递给脚本，而是传递给了python本身（我可能真的不明白可执行设置在这里做了什么）。在

我尝试过设置环境变量：

import os
my_env = os.environ.copy()
my_env['PATH'] = '/Users/<username>/EMAN2/bin:'+my_env['PATH']
my_env['PYTHONPATH'] = '/Users/<username>/EMAN2/bin'

然后把它传给子流程.Popen在上面的任何命令中，env=my_env。这将失败，并出现相同的错误。在

在这一点上，我几乎没有想法，希望有人能帮忙。同样，这只发生在pythonw，而不是{}。在

我读过的寻找解决方案的文章

我在stackoverflow上找不到与此问题完全匹配的内容。我看过的东西：

subprocess a program using another version of python

• 从未成功回答。在

Module cannot be found when using "pythonw" (instead of "python") to run an application

• 问题不在于我使用的是哪种python/pythonw，它们都来自miniconda。在

Python subprocess is running a different version of Python

• 这和我的问题正好相反，所以没什么用。在

https://github.com/ContinuumIO/anaconda-issues/issues/199

• 这表明miniconda pythonw有点像黑客攻击，可能会导致各种问题，但不能直接提供解决方案（比如说，强烈建议不要使用另一个版本的python）。在

Python subprocess/Popen with a modified environment

Python Script not running in crontab calling pysaunter

• 这些导致我试图修改环境变量。在

最后一句话

• 改变正在使用的python发行版是可能的，但这并不是理想的解决方案。我正在写一些东西，它将在几种不同的环境中运行（包括linux和windows，我还没有在这些环境下进行测试），而且我需要一个更安全的解决方案。在

任何人能提供的帮助都是非常感谢的。在