通过PyCogent在本地MySQL EnsEMBL数据库中列出物种名称？

Question

我们有一个本地的EnsEMBL MySQL数据库，包含注释过的蚊子基因组。在

PyCogent食谱指出Here您可以通过cogent.db.ensembl.HostAccount模块从本地MySQL EnsEMBL数据库访问/查询数据。Here是PyCogent的ensemblapi的源代码。在

但是我无法访问数据，因为函数假设我知道我试图查询其基因组的物种（字符串）的确切名称。。。在网上搜索了几个小时之后，如果有人能告诉我如何列出物种的名称（PyCogent会理解），这样我就可以最终查询本地数据库中的基因组数据了。在

此代码显示了我的问题，请注意注释：

Release = 73

from cogent.db.ensembl import HostAccount, Genome

acc = HostAccount('localhost', 'username1', 'password1')  # login details to MySQL server

genome = Genome(Species='?????',Release=73,account=acc)   # Where can I find the available Species list so I can replace the '?????'

Answer 1

在@dpryan79（来自Biostars）的一个有用的提示之后，我查看了PyCogent的源代码，结果发现我可以查看可用物种名称的唯一方法是实际登录MySQL服务器并列出数据库，数据库名称本身需要一个命名约定，其中前两个由下划线（Uu）分隔的字符串是分别为属名和种名。在

所以通过终端登录mysql服务器：

mysql -hlocalhost -uuser1 -ppass1

然后键入：

^{pr2}$

具体地说，我可以查看以下两个数据库的名称：

anopheles_gambiae_core_1312_73_1
anopheles_arabeinsis_core_1312_73_1
anopheles_funestus_core_1312_73_1
anopheles_gambiaeM_core_1312_73_1

建议我有以下可用的物种：anopheles gambiae, anopheles arabeinsis, anopheles funestus和{}