Python scipy/numpy中相关性的层次聚类？

Question

如何在scipy/numpy中的相关矩阵上运行层次聚类？我有一个由100行9列组成的矩阵，我希望通过9个条件中每个条目的相关性进行分层聚类。我想用1-pearson相关作为聚类的距离。假设我有一个包含100x 9矩阵的numpy数组X，我怎么做？

我尝试使用hcluster，基于以下示例：

Y=pdist(X, 'seuclidean')
Z=linkage(Y, 'single')
dendrogram(Z, color_threshold=0)

然而，pdist不是我想要的，因为那是欧几里德距离。有什么想法吗？

谢谢。

Answer 1

只需将度量更改为correlation，这样第一行就变成：

Y=pdist(X, 'correlation')

但是，我相信代码可以简化为：

Z=linkage(X, 'single', 'correlation')
dendrogram(Z, color_threshold=0)

因为联动会帮你搞定pdist。