从斯德哥尔摩进口Biopython公司

Question

有没有人知道如何从与Biopython的多重校准（斯德哥尔摩，Rfam）中恢复SS_cons？文件作为AlignIO对象读入。我要导入具有以下格式的多重对齐（1990序列）：

BAAY01001440.1/1679-1604                   ....................GG.CU.G.U.G.AC.G.C.AA.AGC.U..A
BABD01024787.1/545-457                     ....................CA.UA.A.G.G.UC.G.C.AA.AGC.C..A
AAUQ01092265.1/84-10                       ....................GG.CG.G.G.G.AC.G.G.AA.AGC.C..A
#=GC SS_cons                               ....................>>.>>.>.>......>.>....<<<.<...
#=GC RF                                    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~.gg.cg.g.g.G.AC.G.C.AA.AgC.c..A

我试过：

^{pr2}$

但我得到：

TypeError: '_RestrictedDict' object is not callable

可能只有当每个序列都有一个二级结构时，调用才可用，这里不是这样。不管怎样，我想应该有人离开去找回党卫军。谢谢你的帮助！在

Answer 1

您应该像在典型的Python字典中那样使用方括号：

record.letter_annotations['secondary_structure']

Python使用圆括号表示函数或方法参数（或者在Python术语中是callables），而这不是函数或方法（这正是Python异常试图告诉您的）。在

但是，这不会给您想要的结果，它是整个对齐的属性，而不是任何单独的记录-请参见https://redmine.open-bio.org/issues/3387