如何用Python将序列发送到Web基因预测服务器？

Question

我目前正在做一些关于“从头开始基因预测”的项目。 我发现了一些有趣的web基因预测服务器，比如FGENESH和GenScan。 以下网址： http://linux1.softberry.com/berry.phtml?topic=fgenesh&group=programs&subgroup=gfind

我想问你的是，我如何通过python脚本，而不是使用web浏览器，在我的计算机中发送DNA序列文件。另外，我想知道如何解析结果。在

谢谢。在

Answer 1

解决问题的原始方法是使用mechanize（类似于模拟浏览器）。然后，为了解析XML/HTML结果，您可能需要使用BeautifulSoup，它允许您以复合的面向对象格式获取XML结构，从中可以访问文本和属性。在web上有很多使用这两个库的例子。在

但是，这些web服务通常有一些更便于程序员使用的API来处理请求，您可以通过urllib轻松地访问这些API。我想有很多示例脚本已经在用PDB（quickgoogle带来了this one）或类似的东西，所以这些可能是很好的起点。在