从.txt列中读取文件

Question

我有两个包含4.txt文件的数据集，每个文件有9列。我的任务是制作一个非常简单的条形图，显示两个数据集中每个文件的第6列和第7列之间的比较。我当然会接受cols 1、2和3作为默认值。我用python编写了一些代码，但是在读取多个文件和选择列时遇到了困难。目前我的代码如下：

    # This script will plot the comparison between the BodyMap Gencode & BodyMap RefSeq paired end data.

import matplotlib.pyplot as plt
import numpy as np


#Reading in the files

with open("Illumina_Heart_Gencode_Aligned_Novel_Junctions.txt") as f:
        data = f.read()

data = data.split('\n')

x = [row.split(' ')[0] for row in data]
y = [row.split(' ')[1] for row in data]

fig = plt.figure()

ax1 = fig.add_subplot(111)

ax1.set_title("BodyMap Gencode Vs. RefSeq")
ax1.set_xlabel("Novel & Splice Junctions")
ax1.set_ylabel("Something")

ax1.plot(x,y, c='r', label='the data')

leg = ax1.legend()

plt.show()

我想就如何向前迈进提出一些建议。在

谢谢你抽出时间。在

这就是我的数据。在

文件1：

^{pr2}$

文件2：

    chr1    880181  880421  2   2   0   15  0   21
chr1    1718493 1718764 2   2   0   12  0   24
chr1    8568735 8585817 2   2   0   12  0   21
chr1    8617583 8684368 2   2   0   14  0   23
chr1    8928117 8930883 2   2   0   56  0   24
chr1    8930943 8931949 2   2   0   48  0   25
chr1    9616316 9627341 1   1   0   12  0   24
chr1    9982417 9991948 2   2   0   18  0   23
chr1    10002841    10003306    2   2   0   17  0   20
chr1    10002841    10003406    2   2   0   21  0   25
chr1    10166642    10167279    1   1   0   31  1   24
chr1    10167433    10177516    1   1   0   96  0   24
chr1    10338187    10339154    1   1   0   29  0   23
chr1    10338187    10342379    1   1   0   11  0   23

我想比较两个文件中的第6列和第7列，在我的数据集中有多个这样的文件。在

Answer 1

在numpy.loadtxt文件当然可以节省许多行代码，但这只是在没有缺少值的情况下（例如，不完整的行）。如果是这种情况，那么手动方法（如您所做的）是最好的。在