我试图打印序列，但得到了键错误？在python中

2024-10-05 10:10:31 发布

男 | 程序猿一只，喜欢编程写python代码。

我只得到了第一个输入文件正确的输出，但是我在第一个文件中有一个，B，C，D链，并且得到了正确的输出，在这种情况下，在第二个输入文件中没有C和D链在这种情况下，我们的代码复制了C和D的第一个文件数据的相同数据。？我也不能增加这个id:chainIDs=['A'，'B'，'C'，'D']

我想搜索A到Z链ID，如果我替换为chaineids=['A'，'B'，'C'，'D']to chainIDs=['A'，'B'，'C'，'D'，'F'，'G'，'H']。在

若输入文件中不存在任何链id，则代码只需忽略并为其他人继续。在

显示错误：

f.write(d[chainID][atomIDs[i+j]]+ '\n')  
KeyError: 'E'

脚本：

^{pr2}$

第一个输入文件：

HETATM15207  C4B NAD A 501      47.266 101.038   7.214  1.00 11.48           C  
HETATM15208  O4B NAD A 501      46.466 100.713   8.371  1.00 11.48           O  
HETATM15209  C3B NAD A 501      47.659  99.689   6.567  1.00 11.48           C  
HETATM15211  C2B NAD A 501      46.447  98.835   6.988  1.00 11.48           C  
HETATM15213  C1B NAD A 501      46.221  99.300   8.426  1.00 11.48           C  
HETATM15252  C4B NAD B 501      36.455 115.053  36.671  1.00 11.25           C  
HETATM15253  O4B NAD B 501      35.930 114.469  35.492  1.00 11.25           O  
HETATM15254  C3B NAD B 501      35.307 115.837  37.367  1.00 11.25           C  
HETATM15256  C2B NAD B 501      34.172 114.876  37.039  1.00 11.25           C  
HETATM15258  C1B NAD B 501      34.524 114.613  35.551  1.00 11.25           C  
HETATM15297  C4B NAD C 501      98.229 130.106  18.332  1.00 12.28           C  
HETATM15298  O4B NAD C 501      98.083 131.545  18.199  1.00 12.28           O  
HETATM15299  C3B NAD C 501      99.346 129.675  17.343  1.00 12.28           C  
HETATM15301  C2B NAD C 501     100.220 130.922  17.375  1.00 12.28           C  
HETATM15303  C1B NAD C 501      99.125 132.008  17.317  1.00 12.28           C  
HETATM15342  C4B NAD D 501      77.335 156.939  25.788  1.00 11.99           C  
HETATM15343  O4B NAD D 501      78.705 156.544  25.901  1.00 11.99           O  
HETATM15344  C3B NAD D 501      77.106 158.059  26.824  1.00 11.99           C  
HETATM15346  C2B NAD D 501      78.536 158.632  26.878  1.00 11.99           C  
HETATM15348  C1B NAD D 501      79.351 157.345  26.900  1.00 11.99           C

第二个输入文件：

HETATM 2471  C4B NAD A 352      91.432  24.158  51.658  1.00 51.58           C  
HETATM 2472  O4B NAD A 352      92.697  23.519  52.005  1.00 47.28           O  
HETATM 2473  C3B NAD A 352      90.818  23.341  50.501  1.00 49.46           C  
HETATM 2475  C2B NAD A 352      91.477  22.027  50.635  1.00 48.07           C  
HETATM 2477  C1B NAD A 352      92.868  22.416  51.075  1.00 49.66           C

正在获取第二个文件的结果：

HETATM 2471  C4B NAD A 352      91.432  24.158  51.658  1.00 51.58           C
HETATM 2472  O4B NAD A 352      92.697  23.519  52.005  1.00 47.28           O
HETATM 2477  C1B NAD A 352      92.868  22.416  51.075  1.00 49.66           C
HETATM 2475  C2B NAD A 352      91.477  22.027  50.635  1.00 48.07           C
HETATM 2472  O4B NAD A 352      92.697  23.519  52.005  1.00 47.28           O
HETATM 2477  C1B NAD A 352      92.868  22.416  51.075  1.00 49.66           C
HETATM 2475  C2B NAD A 352      91.477  22.027  50.635  1.00 48.07           C
HETATM 2473  C3B NAD A 352      90.818  23.341  50.501  1.00 49.46           C
HETATM 2477  C1B NAD A 352      92.868  22.416  51.075  1.00 49.66           C
HETATM 2475  C2B NAD A 352      91.477  22.027  50.635  1.00 48.07           C
HETATM 2473  C3B NAD A 352      90.818  23.341  50.501  1.00 49.46           C
HETATM 2471  C4B NAD A 352      91.432  24.158  51.658  1.00 51.58           C
HETATM 2475  C2B NAD A 352      91.477  22.027  50.635  1.00 48.07           C
HETATM 2473  C3B NAD A 352      90.818  23.341  50.501  1.00 49.46           C
HETATM 2471  C4B NAD A 352      91.432  24.158  51.658  1.00 51.58           C
HETATM 2472  O4B NAD A 352      92.697  23.519  52.005  1.00 47.28           O
HETATM 2473  C3B NAD A 352      90.818  23.341  50.501  1.00 49.46           C
HETATM 2471  C4B NAD A 352      91.432  24.158  51.658  1.00 51.58           C
HETATM 2472  O4B NAD A 352      92.697  23.519  52.005  1.00 47.28           O
HETATM 2477  C1B NAD A 352      92.868  22.416  51.075  1.00 49.66           C
HETATM15252  C4B NAD B 501      36.455 115.053  36.671  1.00 11.25           C
HETATM15253  O4B NAD B 501      35.930 114.469  35.492  1.00 11.25           O
HETATM15258  C1B NAD B 501      34.524 114.613  35.551  1.00 11.25           C
HETATM15256  C2B NAD B 501      34.172 114.876  37.039  1.00 11.25           C
HETATM15253  O4B NAD B 501      35.930 114.469  35.492  1.00 11.25           O
HETATM15258  C1B NAD B 501      34.524 114.613  35.551  1.00 11.25           C
HETATM15256  C2B NAD B 501      34.172 114.876  37.039  1.00 11.25           C
HETATM15254  C3B NAD B 501      35.307 115.837  37.367  1.00 11.25           C
HETATM15258  C1B NAD B 501      34.524 114.613  35.551  1.00 11.25           C
HETATM15256  C2B NAD B 501      34.172 114.876  37.039  1.00 11.25           C
HETATM15254  C3B NAD B 501      35.307 115.837  37.367  1.00 11.25           C
HETATM15252  C4B NAD B 501      36.455 115.053  36.671  1.00 11.25           C
HETATM15256  C2B NAD B 501      34.172 114.876  37.039  1.00 11.25           C
HETATM15254  C3B NAD B 501      35.307 115.837  37.367  1.00 11.25           C
HETATM15252  C4B NAD B 501      36.455 115.053  36.671  1.00 11.25           C
HETATM15253  O4B NAD B 501      35.930 114.469  35.492  1.00 11.25           O
HETATM15254  C3B NAD B 501      35.307 115.837  37.367  1.00 11.25           C
HETATM15252  C4B NAD B 501      36.455 115.053  36.671  1.00 11.25           C
HETATM15253  O4B NAD B 501      35.930 114.469  35.492  1.00 11.25           O
HETATM15258  C1B NAD B 501      34.524 114.613  35.551  1.00 11.25           C
HETATM15297  C4B NAD C 501      98.229 130.106  18.332  1.00 12.28           C
HETATM15298  O4B NAD C 501      98.083 131.545  18.199  1.00 12.28           O
HETATM15303  C1B NAD C 501      99.125 132.008  17.317  1.00 12.28           C
HETATM15301  C2B NAD C 501     100.220 130.922  17.375  1.00 12.28           C
HETATM15298  O4B NAD C 501      98.083 131.545  18.199  1.00 12.28           O
HETATM15303  C1B NAD C 501      99.125 132.008  17.317  1.00 12.28           C
HETATM15301  C2B NAD C 501     100.220 130.922  17.375  1.00 12.28           C
HETATM15299  C3B NAD C 501      99.346 129.675  17.343  1.00 12.28           C
HETATM15303  C1B NAD C 501      99.125 132.008  17.317  1.00 12.28           C
HETATM15301  C2B NAD C 501     100.220 130.922  17.375  1.00 12.28           C
HETATM15299  C3B NAD C 501      99.346 129.675  17.343  1.00 12.28           C
HETATM15297  C4B NAD C 501      98.229 130.106  18.332  1.00 12.28           C
HETATM15301  C2B NAD C 501     100.220 130.922  17.375  1.00 12.28            C
HETATM15299  C3B NAD C 501      99.346 129.675  17.343  1.00 12.28           C
HETATM15297  C4B NAD C 501      98.229 130.106  18.332  1.00 12.28           C
HETATM15298  O4B NAD C 501      98.083 131.545  18.199  1.00 12.28           O
HETATM15299  C3B NAD C 501      99.346 129.675  17.343  1.00 12.28           C
HETATM15297  C4B NAD C 501      98.229 130.106  18.332  1.00 12.28           C
HETATM15298  O4B NAD C 501      98.083 131.545  18.199  1.00 12.28           O
HETATM15303  C1B NAD C 501      99.125 132.008  17.317  1.00 12.28           C
HETATM15342  C4B NAD D 501      77.335 156.939  25.788  1.00 11.99           C
HETATM15343  O4B NAD D 501      78.705 156.544  25.901  1.00 11.99           O
HETATM15348  C1B NAD D 501      79.351 157.345  26.900  1.00 11.99           C
HETATM15346  C2B NAD D 501      78.536 158.632  26.878  1.00 11.99            C
HETATM15343  O4B NAD D 501      78.705 156.544  25.901  1.00 11.99           O
HETATM15348  C1B NAD D 501      79.351 157.345  26.900  1.00 11.99           C
HETATM15346  C2B NAD D 501      78.536 158.632  26.878  1.00 11.99           C
HETATM15344  C3B NAD D 501      77.106 158.059  26.824  1.00 11.99           C
HETATM15348  C1B NAD D 501      79.351 157.345  26.900  1.00 11.99           C
HETATM15346  C2B NAD D 501      78.536 158.632  26.878  1.00 11.99           C
HETATM15344  C3B NAD D 501      77.106 158.059  26.824  1.00 11.99           C
HETATM15342  C4B NAD D 501      77.335 156.939  25.788  1.00 11.99           C
HETATM15346  C2B NAD D 501      78.536 158.632  26.878  1.00 11.99           C
HETATM15344  C3B NAD D 501      77.106 158.059  26.824  1.00 11.99           C
HETATM15342  C4B NAD D 501      77.335 156.939  25.788  1.00 11.99           C
HETATM15343  O4B NAD D 501      78.705 156.544  25.901  1.00 11.99           O
HETATM15344  C3B NAD D 501      77.106 158.059  26.824  1.00 11.99           C
HETATM15342  C4B NAD D 501      77.335 156.939  25.788  1.00 11.99           C
HETATM15343  O4B NAD D 501      78.705 156.544  25.901  1.00 11.99           O
HETATM15348  C1B NAD D 501      79.351 157.345  26.900  1.00 11.99           C

预期输出：我想按以下顺序打印当前输入文件中的所有链ID（仅显示链ID）：

HETATM 2471  C4B NAD A 352      91.432  24.158  51.658  1.00 51.58           C
HETATM 2472  O4B NAD A 352      92.697  23.519  52.005  1.00 47.28           O
HETATM 2477  C1B NAD A 352      92.868  22.416  51.075  1.00 49.66           C
HETATM 2475  C2B NAD A 352      91.477  22.027  50.635  1.00 48.07           C
HETATM 2472  O4B NAD A 352      92.697  23.519  52.005  1.00 47.28           O
HETATM 2477  C1B NAD A 352      92.868  22.416  51.075  1.00 49.66           C
HETATM 2475  C2B NAD A 352      91.477  22.027  50.635  1.00 48.07           C
HETATM 2473  C3B NAD A 352      90.818  23.341  50.501  1.00 49.46           C
HETATM 2477  C1B NAD A 352      92.868  22.416  51.075  1.00 49.66           C
HETATM 2475  C2B NAD A 352      91.477  22.027  50.635  1.00 48.07           C
HETATM 2473  C3B NAD A 352      90.818  23.341  50.501  1.00 49.46           C
HETATM 2471  C4B NAD A 352      91.432  24.158  51.658  1.00 51.58           C
HETATM 2475  C2B NAD A 352      91.477  22.027  50.635  1.00 48.07           C
HETATM 2473  C3B NAD A 352      90.818  23.341  50.501  1.00 49.46           C
HETATM 2471  C4B NAD A 352      91.432  24.158  51.658  1.00 51.58           C
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HETATM 2472  O4B NAD A 352      92.697  23.519  52.005  1.00 47.28           O
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Tags：文件 nad hetatm c2b c3b c1b o4b hetatm15256

1条回答

网友

1楼 · 发布于 2024-10-05 10:10:31

只需将输出循环更改为如下所示：

for chainID in chainIDs:
    if chainID in d:
        for atom_id in d[chainID]:
            with open(filenames+'out.pdb', 'a') as f:
                f.write(d[chainID][atom_id] + '\n')

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