在Python脚本中嵌入程序

Question

我创建了一个程序，允许用户输入有关DNA扭曲、旋转和位置等信息。输出是一个PDB文件，但是，我想在程序中的.PDB查看器中显示.PDB文件，似乎不知道如何显示。理想的应用是奇美拉(http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/)，或瑞士(http://spdbv.vital-it.ch/). 在

Answer 1

根据您希望集成的紧密程度，一个不错的开始可以是使用python从外部调用Chimera或Swiss这样简单的事情：

import subprocess
subprocess.Popen(["C:/Path/To/Chimera/bin/chimera.exe", " stereo",  "seq", "c:/Path/to/pdb/you/created/protease.pdb"])

这将导致一个Chimera窗口弹出打开，然后加载并呈现您的pdb，但让您的应用处于活动状态并在后台运行（如果您希望程序等待外部程序关闭，请使用subprocess.call）

（顺便说一句，子流程是更新的方法。os.system和{}是不推荐使用的方法，但仍会得到类似的结果。）