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在PySB库中运行ssa工作示例?
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<p>我使用“Hello world”ODE模拟模型(用相应的分子数替换浓度并将确定率转换为随机等价物)尝试了pythonpysb库中的<code>run_ssa</code>。在</p> <p>这是使用<code>odesolve</code>方法获得的轨迹:</p> <pre><code>[(301.0, 180.0, 0.0, 0.0) (269.7114893451928, 148.71148934519294, 31.288510654807023, 31.288510654807023) (246.1336243593057, 125.13362435930587, 54.866375640694116, 54.866375640694116) (227.7848590843455, 106.78485908434567, 73.21514091565433, 73.21514091565433) (213.1444366774497, 92.1444366774498, 87.8555633225502, 87.8555633225502)... </code></pre> <p>看起来很合理。在</p> <p>这就是run_ssa的回报:</p> ^{pr2}$ <p>看起来不是以初始条件为起点,而是使用其中一个作为限制因素?第一个数组对我来说是时间。。。 根据描述,它应该像ODE模拟一样返回轨迹。。。在</p> <p>从外观上看,odesolve调用python库来解决ODE,但run ssa调用BioNetGen建模语言。在</p> <p>我尝试过直接使用BioNetGen实现Michaelis-Menten动力学的确定性和随机模型,它们看起来很好。在</p> <p>所以,问题是:<strong>有人让它工作吗?有使用它的例子吗?</strong></p> <p>这样做的目的是测试这个库,我只需要知道是否有可能让它工作,以及是否有人成功地做到了这一点。在</p>
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匿名
1天前
擅长:python、mysql、java
<p>谢谢,我最终确实意识到了它到底能做什么,并设法给出了一些有用的例子。但它花了一些挖掘代码和BNG文档:)。问题是文档示例中的odesolve实际上返回了所有的轨迹,并且您在绘制时选择了想要的轨迹,而不仅仅是可观察到的轨迹,这让我很困惑。 当然,这个工作实例的加入和对文档的更多解释,对研究工作无疑是一个很大的帮助! 另外,这是一个好的有用的图书馆</p>
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