擅长:python、mysql、java
<p>这里是PySB作者/开发人员。在</p>
<p>看来问题出在我们身上(我在读了这篇文章后才发现)没有记录run-ssa函数的返回类型。这将得到补救。正如AliceNCL所提到的,run_ssa返回的输出是从BNG.gdat文件解析回来的。然而,返回的轨迹是<strong>不是</strong>随机的:.gdat文件包含模型中定义的唯一可观察到的轨迹:“LR”,配体-受体复合物。另一方面,.cdat文件包含模型中定义的所有物种的轨迹,编号为1、2、3。因此,按照目前的实现方式,如果有一个特定的物种你想得到SSA轨迹,你需要为它添加一个可观察的。在</p>
<p>另一方面,odesolve函数返回一个包含所有物种(索引为'<em>s0'、'</em>\u s1'、''uu s2')<strong>和</strong>命名的可观测'LR'的重新排列。因此,有四个条目,最后两个条目是相同的:配体-受体复合物为“物种2”和命名为可观察的“LR”。在</p>
<p>如果您(或其他任何人)在使用该库时遇到任何其他问题,请通过电子邮件发送给PySB邮件列表(请参阅pysb.org网站)或者在GitHub上发布问题!我们只是偶尔检查堆栈溢出。在</p>
<p>无论如何,这里有一个有效的例子:</p>
<pre><code>from pysb import *
from pysb.examples.hello_pysb import model
from pylab import *
from pysb import bng
from pysb.integrate import odesolve
ion()
t_end = 100
# BNG SSA simulation
ssa_sim = bng.run_ssa(model, t_end=t_end, n_steps=1000)
figure()
plot(ssa_sim['time'], ssa_sim['LR'], color='r')
# ODE simulation
t = linspace(0, t_end)
ode_sim = odesolve(model, t)
plot(t, ode_sim['LR'], color='g')
</code></pre>
<p>这将产生以下结果:<a href="http://imgur.com/xDNQDIL" rel="nofollow">http://imgur.com/xDNQDIL</a></p>