使用参数从Python调用R脚本

Question

我有一个带有代码的r脚本：

args = commandArgs(trailingOnly=TRUE)
myData <- read.csv(file=args[0])

我想用GUI运行这个程序，并用python代码提供一个choosen csv文件

^{2}$

但不幸的是，这不起作用。我得到这个错误，但不知道是什么错。在

  File "c:\Users\name\.vscode\extensions\ms-python.python-2019.2.5558\pythonFiles\lib\python\ptvsd\_vendored\pydevd\_pydev_bundle\pydev_monkey.py", line 444, in new_CreateProcess
    return getattr(_subprocess, original_name)(app_name, patch_arg_str_win(cmd_line), *args)
FileNotFoundError: [WinError 2] The system cannot find the file specified

我不明白为什么找不到这个文件。在

Answer 1

正如评论中建议的，检查

• 你的路径是正确的，不包含空格或奇怪的字符
• 文件确实存在于正确的位置

…如果没有帮助，您可以尝试使用subprocess.run而不是subprocess.call。在

Answer 2

我对python一无所知，所以我不能帮你，但是你的Rscript调用了参数的第0个元素，它只是一个空字符。在

R从1开始索引。在

如果我的剧本是：

args <- commandArgs(trailingOnly = TRUE)
print(args[0])

它会返回：

^{pr2}$

你的脚本应该是：

args <- commandArgs(trailingOnly = TRUE)
MyData <- read.csv(file = args[1])

另外，如果这就是你的整个Rscript，那么一旦Rscript关闭，'MyData'就会消失。如果要在R中创建文件，则需要使用：

write.table(<whatever>)

为你的数据提供适当的参数。在