CGAT安装设置工具版本

Question

我试图从redhat6.4上的https://pypi.python.org/pypi/CGAT/0.2.3安装CGAT。在

我试着用“pip install cgat”安装它，结果得到：

 Version detected: 0.6
    Traceback (most recent call last):
      File "<string>", line 17, in <module>
      File "/tmp/pip_build_root/CGAT/setup.py", line 55, in <module>
        "the CGAT code collection requires setuptools 1.1 higher")
    ImportError: the CGAT code collection requires setuptools 1.1 higher
    Complete output from command python setup.py egg_info:
    Version detected: 0.6

当我跑步时：

^{pr2}$

我得到：

---
Name: setuptools
Version: 14.0
Location: /path/python2.7/site-packages/setuptools-14.0-py2.7.egg
Requires: 

为什么python看不到setuptools的正确版本？？在

我还尝试安装CGAT：

./install-CGAT-tools.sh --cgat-scripts --lite --location /path

例如，当我试图跑步时： cgat bam2bam—版本

我得到：

Traceback (most recent call last):
  File "/path/envs/cgat-scripts-lite/bin/cgat", line 6, in <module>
    sys.exit(main())
  File "/path/envs/cgat-scripts-lite/lib/python2.7/site-packages/CGATScripts/cgat.py", line 126, in main
    module = imp.load_module(command, file, pathname, description)
  File "/path/envs/cgat-scripts-lite/lib/python2.7/site-packages/CGATScripts/bam2bam.py", line 143, in <module>
    import CGAT._bam2bam as _bam2bam
  File "calignmentfile.pxd", line 74, in init CGAT._bam2bam (scripts/_bam2bam.c:4385)
ValueError: pysam.calignmentfile.AlignmentFile has the wrong size, try recompiling

我试图重新安装pysam，但没有成功。在

我做错什么了？在

谢谢。在

Answer 1

我从cgat组得到了答案完整答案在：https://groups.google.com/forum/#!topic/cgat-user-group/2qErNah5vrg

第一个问题，我没能解决。 但是第二次我降低了pysam==0.8.1，它解决了这个问题。在