运行fastStructure:ImportError:没有名为AllegreeFreq的模块时出错

Question

我在试着运行faststructure软件。在安装了numpy、scipy、cython、gsl1.16之后，当我尝试运行“python”时结构.py“，它给出以下错误：

$ python structure.py
Traceback (most recent call last):
  File "structure.py", line 3, in <module>
    import fastStructure
  File "vars/admixprop.pxd", line 5, in init fastStructure
    cdef class AdmixProp:
  File "allelefreq.pxd", line 7, in init admixprop
ImportError: No module named allelefreq

有人能帮我吗？任何帮助都将不胜感激。

Answer 1

我记得一些新版本的cython有一些问题（忘记细节），但降级cython版本也许是一个解决方案：

如下所示：

pip uninstall cython
pip install cython==0.27.3

然后按照文档所述重新构建，并记住添加-f以强制更新，如下所示：

^{pr2}$