快速转换列表的方法（例如从scipy.space.KDTree.query_ball_tree）到成对数组？

Question

我正在努力寻找一种将列表列表转换为成对数组的快速方法。对的第一个值是列表行的索引，第二个值由列表中该列表行的每个值组成。如果行是空列表，则不存在对，因此不应创建对。在

我希望得到类似于通过以下方式获得的结果：

    combarray = numpy.concatenate((t1, t2), axis=0)
    tree   = cKDTree(combarray)
    pairlist  = tree.query_pairs(r = distance )
    pairs  = numpy.array(list(pairlist))
    points = len(t1)
    check = numpy.logical_and(pairs[:,0] < points, pairs[:,1] >= points)
    validpairs = pairs[check]
    validpairs[:,1] -= points

不幸的是，两个主要原因的组合tree.query_对打电话大约需要使用t1的两倍时间tree.query_ball_树（t2tree，r=distance）由于组合的两个数组的大小。如果我能从KDTree.query球回到一对有效的阵列，那么它可能是更快的选择使用。在

t1是3d中的一组顶点，t2是3d中的一组不同的顶点。距离是建立“近”点的参数，其中一些点的顶点值相同，即我当前使用的值为0.02。这里的要点是转换列表，例如

^{pr2}$

对数组： [[1,3]， [1,5]， [2,1]， [4,2]]

大多数行都是空的，通常只有少数几行（每行中的元素可能多达20个，但这是未知的）。每组t1和t2值可以是3到大约3000个值。在

Answer 1

data = [
[],
[3,5],
[1]
]

pairs = []
for row_idx, row in enumerate(data):
    for item in row:
        pairs.append((row_idx, item))

print pairs

结果：

^{pr2}$

或者，这一个衬垫将产生相同的输出：

^{3}$