我对python或更具体地说是ipython,还是个新手。我一直在运行的步骤应该是一个非常简单的Dicom转换,在一个名为SPM的统计包中,对NiPype描述的MRI图像文件进行转换。我不能让它运行,我想知道我做错了什么。我没有收到错误消息,相反,没有文件更改或输出。它只是挂着。我有什么错吗?很可能我在这里遗漏了一些非常简单的东西(抱歉:(
import os
from pylab import *
from glob import glob
from nipype.interfaces.matlab import MatlabCommand as mlab
mlab.set_default_paths('/home/orkney_01/s1252042/matlab/spm8')
from nipype.interfaces.spm.utils import DicomImport as di
os.chdir('/sdata/images/projects/ASD_MM/1/datafiles/restingstate_files')
filename = "reststate_directories.txt"
restingstate_files_list = [line.strip() for line in open(filename)]
for x in restingstate_files_list:
os.chdir( x )
y = glob('*.dcm')
conversion = di(in_files = y))
print(res.outputs)
您正在创建一个
DicomImport
接口,但实际上并没有运行它。你应该有res = di.run()
。在另外,最好在运行之前使用
di.base_dir = '/some/path'
告诉接口在哪里运行。在最后,您可能还需要打印
restingstate_files_list
的内容,以检查您是否正确地找到了DICOM目录。在相关问题 更多 >
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