防止snakemake生成输出目录

Question

有没有一种方法可以防止snakemake为不存在的输出创建一个目录？在

如果目录已经存在，那么MEME套件中的fimo会在运行结束时失败。在

我的解决方法是给fimo一个与我在output中指定的目录不同的输出目录，但我想知道是否有更直接/更优雅的解决方案。在

给出的示例：

    rule generate_scan:
        output:
            PROJECT_BASE + '/results/fimo_scan/fimo.txt'
        params:
            genome = '/home/hjp/ImmuneProject/hg19_reference/hg19.fa',
            motif_database = PROJECT_BASE + '/motif_databases/HUMAN/HOCOMOCOv10_HUMAN_mono_meme_format.meme',
            tmp = 'results/tmp_fimo'
        shell:
            '/home/hjp/meme/bin/fimo'
            ' -o {params.tmp}'
            ' --motif GATA2_HUMAN.H10MO.A'
            ' {params.motif_database}'
            ' {params.genome}'
            ' && '
            'mv {params.tmp}/* {PROJECT_BASE}/results/fimo_scan/'
            ' && '
            'rm -rf {params.tmp}'

提前谢谢！在

Answer 1

目前，您无法在Snakemake中直接阻止这一点（大多数工具都会反过来抱怨）。但是，我只是在输出目录上用rm -r来预先准备fimo的实际调用。在